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第48-49外交官杀人事件（柯南喝了老白干变成了新一）
第188-193话生命的复活（柯南喝了老白干变成了新一）
名侦探柯南剧场版7 迷宫的十字路口
下面是工藤所有的出场集数
TV版：
001 云霄飞车杀人事件（还没变小）
002 董事长千金绑架事件 （兰的回忆&.远影）
007 每月一件礼物威胁事件 (远影)
010 足球选手恐吓事件 (照片、想像&.投影)
018 六月新娘杀人事件 （回忆)
026 爱犬约翰杀人事件 (回忆）
032 咖啡店杀人事件 (回忆）
042 卡拉OK厅杀人事件 (远影）
048 外交官杀人事件(前编) (回忆）
049 外交官杀人事件(后编) （喝白干变大)
057 福尔摩斯迷杀人事件(前编) (回忆)
076 柯南对怪盗基德 (远影)
084 滑雪别墅杀人事件(前编) (回忆）
096 走投无路的名侦探 连续两大杀人事件 (照片＆.想像)
100 初恋情人回忆事件(前编) (回忆)
101 初恋情人回忆事件(后编) (回忆）
118 浪花连续杀人事件 (平次的梦－－工藤被袭击)
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (远影)
162 飞天密室！工藤新一最初事件（兰回忆的~）
190 危命的复活～第三种选择(平次扮的,其实新一也在哦~)
191 危命的复活～黑衣骑士 (变回来的)
192 危命的复活～新一回来了(药效没过...)
193 危命的复活～约定的场所(药效没过,但结尾就过了...)
219 名侦探大集合 工藤新一vs怪盗基德 (回忆)
239 大阪的3个K事件(后编) (远影)
250 偶像们的秘密(后编) (星野辉美手中的剪报)
255 松江玉造连句十四次胜负(前编) (出现原因不明)
278 英语教师VS西部名侦探(后编) （照片）
285 中华街雨中的似曾相识(后编) (兰的错觉)
286 工藤新一NY事件(事件编) (回忆）
287 工藤新一NY事件(推理编) (回忆）
288 工藤新一NY事件(解决编) (回忆）
300 友情与杀意的关门海峡(后编) (回忆）
304 震动的警视厅 1200万人质 (兰的错觉＆.远影）
312 染上夕阳的布偶（前篇）(回忆)
330 被挑拨的友情（后篇）(回忆)
331 疑惑的咖喱饭（上篇）(想像)
343 便利店中的阴谋(前篇)(回忆&.远影)
344 便利店中的阴谋(后篇) (错觉、照片&.远影)
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件（假扮&.回忆）
383 来自甲子园的恶魔的挑战（兰的回忆）
387 斯特拉蒂瓦里的不谐和音（尾曲）（柯南回忆自己唱歌－－恐怖啊）
400 心存疑惑的兰(回忆&.远影）
410 同时进行的舞台剧和绑架案(后篇)（回忆）
411 神社牌楼的惊人暗号(前篇)（远影）
422 银杏色的初恋(后篇)（回忆）
特辑：
飞上天空的十颗行星
ova：
01－柯南vs基德vs铁剑
剧场版：
1997 引爆摩天楼 （远影）
1998 第十四个目标 （远影&.回忆）
1999 世纪末的魔术师 （错觉&.假扮）
2000 瞳孔中的暗杀者 （照片、远影&.回忆）
2001 通往天国的倒数计时 （远影）
2002 贝克街的亡灵 （兰的回忆）
2003 迷宫的十字路 （变回来的）
2004 银翼之魔术师 （假扮&.远影）
2005 水平线上的阴谋 （回忆&.远影）
2006 侦探们的安魂歌
TV286 工藤新一NY事件(事件篇)
TV287 工藤新一NY事件(推理篇)
TV288 工藤新一NY事件(解决篇)
TV345 （特别篇15）直面黑衣组织的对决——满月之夜的二元推理（不过这个新一是平次装的，嘿嘿，不过这次装的暴像……）
TV400 心存疑惑的小兰（新一的出场在小兰的回忆中）
