爱华网甲申三月十九日，大顺军攻克北京，明朝崇祯皇帝朱由检自缢身死，当天大顺皇帝李自成进入北京，标志着明朝的覆亡。在短短的两三个月里，大顺政权凭借兵威和深得民心，迅速地接管了整个黄河流域和部分长江流域的大片疆土，统治区包括了现在的陕西、宁夏、甘肃、青海、山西、河南、河北、北京、天津、山东全境以及湖北、江苏、安徽的部分地方。山海关外的明朝军队在平西伯吴三桂、辽东巡抚黎玉田的带领下撤入关内，并且同山海关总兵高第一道投降了大顺政权；清廷乘机派郑亲王济尔哈朗等收取了关外地区，这样就形成了大顺政权同清政权隔关相峙的局面。以崇祯帝为首的明中央朝廷葬身于农民起义的烈火中，并不意味着明朝统治的全面结束。当时，明朝残余势力盘据的地方还很大。除了张献忠领导的大西军正处于进军四川途中以外，江淮以南的半壁江山仍然在明朝委任的各级官员统治之下，他们自居正统，继续奉行崇祯年号，从这个意义上说，南明的历史是从北廷的覆灭开始的，至于立君继统则是拥明势力内部的事。换句话说，历来的史籍把弘光朝廷的建立作为南明史的开端并不完全准确。
综观甲申三月至四月中旬的全国形势，可以作以下的概括：大顺政权和大西军是农民起义中形成的新兴势力，他们同明帝国一样是以汉族为主体的；区别是明朝残余势力控制的地区内继续维护着官绅地主的封建统治，而大顺军和大西军的领导人虽然已经有明显的蜕化倾向，但尚未达到质变的程度，他们实行的政策基本上仍然是打击官绅地主、保护农民利益。1644年春天和夏初，大顺军所向无敌，占领了包括北京在内的整个黄河流域，这一广袤地区的百姓欣喜若狂，欢迎恐后。连官绅地主除了极少数死心塌地效忠朱明王朝，绝大多数都认为明朝气数已尽，转而寄希望于大顺政权。长期以来，人们受“成则为王，败则为寇”的传统观念影响，以为官绅地主对大顺政权一直处于势不两立的地位，这是不完全正确的。事实上自从1643年十月明陕西三边总督孙传庭部主力被大顺军歼灭以后，明朝官绅眼见大势已去，政治态度发生了根本的转变。他们当中的绝大多数人把明亡顺兴看成是历史上常见的改朝换代，为了自身利益纷纷归附以李自成为首的大顺政权。尽管其中有的人争先投靠，希冀跻身于新兴的大顺朝定鼎功臣之列；有的人虽心怀疑惧，但为形势所迫而随大流。总之，在大顺军被清军击败以前，汉族官绅中的大批文官武将都以投靠大顺政权为惟一出路，而不可能设想去投靠偏处辽东的一个语言、风俗都有很大差异的满洲贵族为主体的清政权。顾炎武《日知录》中有一段话很值得注意：“有亡国，有亡天下。亡国与亡天下奚辨？曰：易姓改号，谓之亡国；仁义充塞，而至于率兽食人。人将相食，谓之亡天下。……保国者，其君其臣，肉食者谋之；保天下者，匹夫之贱，与有责焉耳矣！” 在汉族官绅看来，大顺政权取代明朝只是“易姓改号”，朱明王朝的挣扎图存是宗室、皇亲国戚、世袭勋臣之类“肉食者”的事，同一般官绅士民没有多大关系；而满洲贵族的入主中原则是“被发左衽”（剃头改制），“亡天下”了；天下兴亡，匹夫有责，都应当奋起反抗。这就是甲申之春汉族军民官绅的心理状态。正因为如此，大顺军在短短三个月时间里就占领了包括京师在内的整个黄河流域，除了在宁武和保定两地稍遇抵抗以外（在保定城里“代帝亲征”的大学士李建泰也是主张投降的），到处是一派望风归附的景象。如史料所载，“晋民倡乱者皆传贼不杀不淫，所过不征税，于是引领西望” ；京师百姓也“幸灾乐祸，俱言李公子至贫人给银五两，往往如望岁焉” 。崇祯末年曾在朝廷任职的熊开元记，“癸未（1643）、甲申（1644）间，臣待罪圜扉，闻都人望贼如望岁，不啻三百矛刺心而血欲洒而无从也” 。大顺军占领北京时，不仅“百姓欢迎” ，明朝廷在京的两三千名官员自尽的只有二十人，其它“衣冠介胄，叛降如云” 。国子监生陈方策塘报中说：“我之文武诸僚及士庶人，恬于降附者，谓贼为王者之师，且旦晚一统也。” 史可法在奏疏中痛心疾首地说：“在北诸臣死节者寥寥，在南诸臣讨贼者寥寥，此千古以来所未有之耻也！”
北京的明朝官员争先恐后地前往大顺政权吏政府报名请求录用，如少詹事项煜“大言于众曰：大丈夫名节既不全，当立盖世功名如管仲、魏征可也” 。给事中时敏声称：“天下将一统矣！”他赶往报名时吏政府大门已关闭，一时情急，敲门大呼：“吾兵科时敏也！”才得以放入 。考功司郎中刘廷谏朝见时，丞相牛金星说：“公老矣，须白了。”刘连忙分辩道：“太师用我则须自然变黑，某未老也。”勉强被录用 。首席大学士魏藻德被关押在一间小房里，还从窗户中对人说：“如愿用我，不拘如何用便罢了，锁闭作何解？” 1644年七月刘泽清致吴三桂信中写道：“三面环观，曾有谁不降贼？” 次年八月在清摄政王多尔衮面前的一场争论也反映了当年情况。都给事中龚鼎孳等人指责内院大学士冯铨是明朝阉党；冯铨反唇相讥，说龚鼎孳曾投顺“李贼，竟为北城御史”。多尔衮问此事实否？龚说：“实。岂止鼎孳一人，何人不曾归顺？魏征亦曾归顺唐太宗。”龚鼎孳急不择言，像项煜一样把李自成比为唐太宗，虽受到多尔衮的斥责，却是大顺军入京后绝大多数明朝廷官员的真实写照 。
明朝辽东军队和官员奉命撤入关内勤王，由平西伯吴三桂、辽东巡抚黎玉田带领于三月十三日全部进关，驻扎于昌黎、滦州、乐亭、开平一带 。当他们得知大顺军已经占领北京，明朝廷覆亡时，就同山海关总兵高第一道接受了李自成的招降，归附大顺政权；黎玉田被委任为大顺政权四川节度使，奉李自成之命与明朝投降总兵马科领军西行收取四川。至此，秦岭、淮河以北的明朝军队已全部收编，地方除辽东外均为大顺政权接管。
历史曾经给予李自成为首的大顺政权统一全国的机会。1644年春天，大顺军以秋风扫落叶之势迅速接管了包括山海关在内的黄河流域全部疆土，推翻了以朱由检为代表的明朝二百七十七年的统治。摆在李自成面前的任务是怎样才能站稳脚根，实现一匡天下的目的。这一任务实际上取决于两点：一是他应当认识到辽东兴起的满洲贵族建立的清政权是同大顺政权争夺天下的主要对手，加强针对辽东的防务是新生的大顺政权存亡的关键。二是在汉族文官武将大批倒向自己的情况下，大顺政权必须在政策上作出重大调整，尽量缩小打击面，由打击官绅地主改为保护他们的利益。这二者是互相关联的。崇祯朝廷的覆亡除了它的腐败以外，主要原因是战略上两线作战，陷于左支右绌的窘境，造成两大对手力量不断的膨胀。大顺政权既然继承了明王朝的“遗产”，避免重蹈崇祯朝廷的覆辙，理应在最大程度上争取汉族各阶层的支持。自明中期以后，缙绅势力已经成为社会上举足轻重的力量，能不能争取到他们的支持直接关系到大顺政权在管辖区内的稳定和遏制并随后解决辽东的民族对抗。
从当时形势分析，大顺政权的领导人如果能够高瞻远瞩，对全国形势有清醒的认识，完全可以采取正确的对策。首先，李自成必须放弃对官绅地主实行的追赃助饷政策，代之以轻徭薄赋、整顿吏治。就财政而言，李自成1643年以前，为维护贫苦农民利益实行三年免赋，以没收明朝藩王家产和对官绅追赃助饷来解决数量日增的军队和政权经费的需要，有其历史的必要性。占领北京以后，接收了明朝皇帝的内帑，没收同朱明王朝关系密切的宗室、国戚、勋贵（指明朝开国、靖难以来所封世袭公、侯、伯爵）、太监的全部家产，可以解决军队和政权的经费，即便需要向官绅士民征派部分赋役，为数也相当有限。只要采取这一措施，就足以赢得绝大多数汉族官绅的支持，结成共同对付满洲贵族的阵线。在这种情况下，清方面临的不是原先腐朽没落的明王朝，而是一个新兴的、充满活力的汉族为主的政权，双方的力量对比将发生很大的变化，特别是随着时间的推移，大顺政权日益巩固，清方在人口（兵源数量）、物资方面的劣势肯定会越来越明显。
然而，李自成为首的大顺军领导人并没有依据形势的变化在政策上作出必要的调整。他们仍然以农民利益的维护者自居，在管辖区内继续实行打击官绅地主的追赃助饷政策。学术界有一种流行的观点，认为农民起义中建立的政权都是封建政权。李自成起义军从1642年（明崇祯十五年）下半年开始在河南一些府县建立地方政权，1643年在襄阳建立中央政权，次年正月在西安正式立国建号。按照这种观点，甲申三月明王朝的灭亡不是被农民起义推翻，而是为一个新兴的封建政权所代替。可是，持上述观点的人却缺乏把自己的逻辑贯彻到底的勇气，因而陷于自相矛盾的境地。也有的史学工作者认为李自成为首的农民政权推行的“免赋”政策并不是免征而是减免，这是不正确的。大量史实表明，大顺政权（包括其前身）在 1644 年六月兵败退回西安以前，在广袤的地区内都是以追赃助饷代替按田亩计征的赋税。各地文献都表明大顺政权委派的官员到任后几乎毫无例外地拘拿明朝官绅追赃助饷。如甲申三月，刘芳亮部占领大名府，“布州县伪官，毒掠缙绅”。进占广平府之“次日，拷掠乡绅，以官职大小定银数之多寡，惨不可言”。高阳县令王瑞图到任后，“奉贼令逼索乡绅，名曰助饷”。灵寿县“伪令郭廉持符至灵寿，勒乡绅捐饷，恣为横暴”。肥县县令石传声下车伊始即“置乡绅于狱，比饷银”。临城县令段献珠履任后，“索饷银，毁坊扁，免荒税”。派往山东的大顺军将领郭升“以精贼数万略行齐鲁，张官置吏，四出赴任，旬日间遍于海岱。……奉其敕追掠缙绅，桁杨接踵，相望于道”。济南府“有户政府从事张琚者，谓之催饷司，拷掠宦家子，俾助饷。其被掠者以万历来科目为断，计三十余家。刑具夹桚外，有铁梨花、吕公绦、红绣鞋之名”。阳信县“夏四月，逆闯伪令搜罗邑绅子弟蠲赀助饷，各五百金，勒限追比”。邹平县令王世传上任后“阳言蠲赀租，刑逼乡官，渐及富户，谓之追饷”。北京聚集着明朝廷大批中央机构的官员，从三月下旬开始，未被大顺政权选用的官员大抵发往各营追赃助饷，“言卿相所有，非盗上则剥下，皆赃也”。四月初八日，李自成发现这一举动在政治上已经造成不利影响，下令停止，被押官僚无论完赃与否一律释放，但各地的追赃活动一直延续到大顺军战败西撤为止。与此同时，我们却没有见到大顺政权在甲申五月以前有征收赋税的记载。某些文献由于文字含混给人以大顺政权在退回西安以前就曾征收赋税的印象，如果仔细研究一下其内容，不难发现所“征”得的银、粮一般都是整数，稍有常识的人都知道按亩计征的赋税不可能是整数，只有追赃才会出现这种情况；另一种是征发制造军需物品的翎毛（制箭用）、钢铁等，也不能说是正规的赋税制度。这些都说明大顺政权在北京的鼎盛时期没有制定赋税政策，仍然停留在追赃助饷的阶段。
应当承认大顺政权追赃助饷政策的革命性，它证明李自成虽然已经即位称帝，大将们受封侯、伯等爵，他们并没有忘记自己的穷苦兄弟，没有放弃维护农民利益的基本宗旨。处于十字路口的大顺政权在关键时刻跟不上形势，陷于茫然失措的境地。李自成一方面采取了部分办法招徕官绅，一方面又大范围地以追赃助饷打击这个阶层。在追赃过程中官绅们巧取豪夺所得的家赀难以保住，而且往往遭到刑拷，官绅体面扫地以尽，这对于大批归附大顺政权的官绅地主来说确实是非始料所及的。官绅地主的归附大顺政权，正是为了保护自身利益不惜在政治上变节，把过去痛骂的“闯贼”李自成当作新的靠山。然而，他们当中的绝大多数失望了，明朝廷中央官员被录用的占少数，地方官员由于大顺政权选用的原则是以未曾出仕的举人为重点，吸收的明朝官员所占比例很小，就整个官绅地主而言基本上处于被打击的地位。他们在饱尝铁拳之后，不胜愤慨地说：“是岂兴朝之新政哉，依然流贼而已矣。”当大顺军所向无敌时，官绅们慑于大顺政权的兵威，一般不敢公开反抗，但已经暗中“人人饮恨，未及发也”。有一种记载说庶吉士周钟因有文名受到丞相牛金星的重视，他积极参加大顺政权的活动，常说“江南不难平也”。一些明朝官员私下对他说：“闯残杀太甚，万难成事。”周钟回答道：“太祖（指朱元璋）初起亦然。”其实，朱元璋在天下未定之时是“礼贤下士”的，对官员的大批屠戮和谪戍是在坐稳了皇帝的宝座以后。周钟的比拟并不适当，只是反映了被大顺政权录用的少数官员的一种希望。总之，李自成等大顺军领导人未能依据客观形势的变化及时调整政策，在接管区内大搞追赃助饷，把业已倒向自己的官绅地主推回到敌对地位，是极不明智的。当人们津津乐道“闯王进京”后如何如何腐化变质终于导致“群众”不满，归于失败的时候，本书作者却认为正是由于李自成为首的大顺政权没有完成封建化的质变，才被汉族官绅勾结满洲贵族所扼杀。
在军事部署上，也突出地反映了李自成等大顺军领导人缺乏战略眼光。从万历末年起辽东的满洲贵族军事力量日益崛起，成为明朝廷棘手的课题，而明末农民战争的全过程又是同明清之战交织进行的。为了抵御满洲贵族的进犯，明朝廷多次从陕西三边抽调兵将。按情理说，李自成在西安决策大举东征，以推翻明王朝为目标时，就应当对下一步迎战清军做到胸有成竹。事实却完全相反，他几乎没有意识到清军将是同自己争夺天下的主要对手。这首先表现在他在北京地区集结的军队不足以抵御清军大规模的进犯。大批主力部队分布在西北、湖广襄阳等四府、河南等地；进占山西、畿辅、山东以后，兵力进一步分散。这种部署对于稳定大顺政权统治区的局势虽然有积极作用，但是分兵驻防的结果势必造成在京师和京东地区缺乏足够的兵力。例如，李自成在湖广荆襄地区部署了以大将白旺为首的七万兵马，当大顺军向北京推进时，明军左良玉部乘机进攻湖广承天、德安；河南刘洪起等地主武装也同左良玉相呼应，颠覆当地的大顺政权。白旺上书请援，李自成当即决定派绵侯袁宗第带领一支相当庞大的军队由陕西奔赴湖广先击败左良玉部，随即北上河南平定了叛乱，直到大顺军在山海关战败，袁宗第和白旺的军队仍滞留于河南与湖广。这种局部的胜利只是导致了全局的失败。白旺七万之众完全可以牵制住左良玉部，不在于一城一地的得失，袁宗第所统右营为大顺军攻城野战的五大主力之一，本应调到北京地区，等到稳定辽东局势以后再回头收拾左良玉等手下败将，是易如翻掌。李自成计不出此，说明他对用兵的轻重缓急缺乏战略头脑。
占领北京以后，李自成的麻痹轻敌思想进一步暴露出来。当时他身边的军队总数大约有十万人，受封侯爵的大将有刘宗敏、李过、刘芳亮、张鼐、谷英，加上明朝投降过来的军队，兵力也还可观。然而奇怪的是，李自成在大同留下了大将张天琳镇守，在真定委任了大将马重僖为节度使，惟独在京东山海关一带没有派遣“老本”嫡系大将去镇守。他的着眼点仅限于招降撤入关内的吴三桂、黎玉田和关门总兵高第，而对关外虎视眈眈的清军却置之度外。开初，李自成对吴三桂、黎玉田率领的辽东官兵和山海关总兵高第的招降进行得很顺利，吴三桂在大顺政权“许以父子封侯”的条件下同黎玉田、高第一道归附大顺政权，吴三桂奉李自成之命率部由永平府前往北京“朝见新主”；黎玉田被委任为大顺政权四川节度使。李自成在招降了辽东和关门明朝官军后，似乎认为京东的问题已经解决，对清廷出兵干涉的危险毫无认识。他在山海关地区的军事部署只是派了几天以前在居庸关投降的明朝总兵唐通率领原部八千兵马接管山海关防务，而没有派大顺军嫡系大将出镇该地区。从他下令吴三桂率部进京和派原驻畿辅地区的明朝投降总兵马科率原部一万兵马同黎玉田一道远征四川来看，证明他根本没有料到清廷利用明朝覆亡必然有分羹之心。似乎在他看来清兵在辽东的用兵和三次深入内地都是明朝的事，大顺政权从未同清军交锋，彼此无怨无仇，可以相安无事。也许是出于这种天真的考虑，他既不派大顺军主力前往山海关一带布防，又把同清军作战最有经验和实力的吴三桂部调来北京（召吴三桂本人入见是一回事，命其率部赴京又是一回事。联系到李自成命马科率部前往四川，很可能是想让吴三桂率部执行南下之类的任务），充分说明李自成对清军即将参加逐鹿中原的严峻形势毫无认识。即使不发生吴三桂叛变，仅凭唐通八千兵马也绝对抵挡不住清军的进犯。何况，李自成进京后，如果对吴三桂安抚得当，并立即派遣大顺军高级将领率主力协同吴军镇守山海关一带，吴三桂叛变的可能性很小，京东的局势也将比较稳定。
许多人轻信了封建史籍对大顺军的污蔑之词，断言李自成进京后领导集团腐化变质，丧失民心，终归失败。这种观点完全不符合事实。且不说不少亲历甲申燕京之变的人士记载大顺军在京期间纪律严明；就以时间而言，三月十九日大顺军进京，四月初十日左右得到吴三桂率部叛变回军攻占山海关，十三日晨李自成、刘宗敏亲率大军离京平叛，其间最大时限为二十三天。中国历史上许多王朝肇建伊始欣欣向荣，若干年之后壮志消磨，出现文恬武嬉的局面；却没有听说过在二十天左右就腐化得丧失战斗力的。再说，大顺军失败撤离北京后，清军入京立即将北京中、东、西三城居民全部逐出，下令剃头，总不会更得民心吧，为什么没有失败呢？可见，大顺政权之所以站不住脚，不是因为领导层变质，失去贫苦群众的支持；恰恰相反，由于它尚未完成质变，继续执行打击官绅地主的政策，引起缙绅们的强烈不满，因而不可能稳定自己的统治区，把汉族各阶层人士结成抗清的一致势力。军事上部署的失误又导致满洲贵族得以勾结汉族官绅，构成对大顺军压倒的优势。说李自成等大顺军领导人因骄致败，是指他们目光短浅，骄傲轻敌；而决不能解释为他们骄奢淫逸。明清之际，中国向何处去？是历史上的一个重大问题，正确地总结这段历史，才能汲取经验教训，有效地利用我国丰富的社会、政治、军事遗产。
吴三桂，辽东中后所人（今辽宁绥中县），为出身辽东军阀世家。他的父亲吴襄、舅父祖大寿都曾任明朝总兵，同当地的将领官绅有着盘根错节的关系。由于祖大寿和三桂之兄吴三凤等明朝将领先后降清，吴三桂和他的部属又与清方营垒增添了一层暧昧关系。1644年三月，他被崇祯帝加封为平西伯，率部进关勤王，由于放弃关外土地，官绅家属和相当一部分辽东百姓跟随进关，安插未定，明朝就覆亡了。摆在吴三桂面前的形势是严峻的，他同山海关总兵（又称关门总兵）高第一共只有五万之众，在明末盛行的“家丁”制度下，其中真正能征敢战、装备较佳的兵马只占少数。他们局促于关内永平府一隅之地，处于清、顺两大新兴势力之间，继续效忠明室是不现实的，因为朱由检为首的明廷已经不存在，弘光朝廷还没有建立，他们同淮河以南的残明势力相距太远、音讯不通，可走的道路就只有在降顺、降清之间作出选择。
清廷对吴三桂进行招降是比较早的，1642 年（明崇祯十五年，清崇德七年）四月，清军攻克松山、锦州后，皇太极就致书吴三桂告以其舅氏祖大乐、祖大寿等“因系将军之戚”俱获保全，劝他“翻然悔悟，决计归顺”。又命三桂之兄吴三凤及祖可法、张存仁、裴国珍、胡弘先、姜新、陈邦选等以亲属、旧谊的关系写信晓以利害，竭力劝说其降清。十月，皇太极再次致书吴三桂：“大清国皇帝敕谕宁远城吴大将军：今者明祚衰微，将军已洞悉矣。将军与朕，素无仇隙，而将军之亲戚，俱在朕处。惟将军相时度势，早为之计可也。”同时，又命祖大寿写信给吴三桂道：
宁锦间隔，不相通问者岁余矣。春时松山、锦州相继失陷，以为老身必死无疑。不期大清皇帝天纵仁圣，不但不加诛戮，反蒙加恩厚养。我祖氏一门以及亲戚属员，皆霑渥泽。而洪总督、朱粮厅辈亦叨遇优隆。自至沈阳以来，解衣推食，仆从田庐，无所不备，我已得其所矣，奉贤甥勿以为虑，但未知故乡光景何如耳。以愚意度之，各镇集兵来援辽左，未一月而四城失陷，全军覆没，人事如此，天意可知。贤甥当世豪杰，岂智不及此耶？再观大清规模形势，将来必成大事。际此延揽之会，正豪杰择主之时，若率城来归，定有分茅裂土之封，功名富贵，不待言也。念系骨肉至亲，故尔披肝沥胆，非为大清之说客耳。惟贤甥熟思之。虎骨靶小刀一柄，是贤甥素常见者，故寄以取信。
次年正月，吴三桂给祖大寿的回信“犹豫未决”。皇太极再次致书劝他“急图归顺，勉立功名”。然而，在一年多时间里，吴三桂自觉回旋余地尚大，并没有接受清廷的招降。
到1644年三月明亡之时，吴三桂等撤入关内的辽东官员却很快决定接受大顺政权的招降。作出这一决择首先是因为吴三桂等人获悉大批明朝文官武将都归附了大顺，其中不少人（如唐通、白广恩）在过去辽东战事中曾同吴三桂共事，大顺政权已是众望所归，颇有统一天下之势；其次，大顺政权同明王朝一样是以汉族为主体的政权，吴三桂等辽东官绅军民更易于接受；第三，吴三桂所部辽东官兵一直处于同清军对峙的地位，而同大顺军并没有多大恩怨，即如史籍所说：“以清兵仇杀多次，不欲返颜，乃修表谋归李贼。”第四，就个人前途着想，吴三桂虽有一部分亲属降清，但他的父母等直系亲属居住在北京已处于大顺政权控制之下，归降或敌视大顺政权必将直接影响到他们的命运。何况，曾在辽东共事的总兵白广恩、姜瓖、马科、唐通等人都已跻身于大顺朝新贵之列，唐通兵力远逊于己，三月间才投向大顺就受封为定西伯，由他出面劝降，“盛夸自成礼贤，啖以父子封侯”，对吴三桂有很大的吸引力。正是由于以上原因，吴三桂、黎玉田、高第迅速决定投靠大顺政权。山海关防务由李自成派来的唐通接管。
三月二十二日，吴三桂在永平府（府治在今河北省卢龙县）张贴告示，有“本镇率所部朝见新主，所过秋毫无犯，尔民不必惊恐”等语，证明他已率领部下兵马前往北京准备接受李自成的新命了。三月二十六日左右，吴军行至河北玉田县，离北京已经不远了，吴三桂突然改变主意，由投降大顺转持敌对态度。产生这一急剧变化的原因在史籍中有三种说法：一是吴三桂听说他的父亲吴襄被大顺政权拘捕追赃，一是误信从京中私自逃出的奴仆谎报吴襄全家被大顺军抄没，第三种为人们津津乐道的说法是吴三桂留在北京的爱妾陈圆圆（又名陈沅）为大顺军将领所掠，于是“冲冠一怒为红颜”。真实情况已难考定。吴三桂投降大顺，本意是维护和扩张自身利益，从北京传来的消息使他疑窦顿生，猜测李自成的召见很可能是一种骗局，将对自己采取不利行动。于是，他骤然变卦，带领部下兵马直奔山海关，从背后对镇守关门的唐通部发起突然袭击。唐通的兵力大约只是吴三桂部的五分之一，加以变生意外，猝不及防，山海关遂被吴三桂占领。唐通率残部撤往离山海关不远名叫一片石的地方，大顺政权委任的其他官员也纷纷逃回。
吴三桂的叛变，使山海关地区顿时彤云密布，笼罩着一片紧张的战争气氛。当地人士佘一元《述旧事诗》云：“吴帅旋关日，文武尽辞行。士女争骇窜，农商互震惊”，真切地反映了百姓们的惶惧不安。跟吴三桂采取同一立场的只有原山海关总兵高第和卫城（即清代的临榆县）一小撮缙绅地主。关、辽两镇兵力合计不过五万，山海关一隅之地又难以筹措粮饷。“维时内无军需，外无援旅，人心汹汹，不保朝夕”。吴三桂当然明白凭借这么一点军事和经济实力根本不足以同大顺政权抗衡，更谈不上在顺、清夹缝中求生存。他决定回师夺取山海关实际上意味着他在同大顺政权决裂之时已经把投靠清廷作为出路。为了给自己增添一些本钱，他不是率部出关以丧家之犬的形象向清方投降，而是玩弄手腕，一面“遣人东乞王师”，以京东要塞山海关城为见面礼；一面“遣人绐贼缓师”，“以待本朝大兵”。
李自成获悉吴三桂叛变占领山海关的消息后，经过紧张的商议，决定一面安抚吴襄，以吴襄的名义写信规劝吴三桂，希望借父子之情使他幡然变计；一面作好武力解决的准备，出兵平叛。四月十三日晨，李自成、刘宗敏亲自统率大军向山海关进发。随行的有明朝太子朱慈烺、永王、定王、晋王、秦王和吴襄等人，这说明李自成仍希望通过君、亲之义招降吴三桂。然而，由于吴三桂同清方勾结已成定局，招降的可能性不复存在了。
同李自成的麻痹大意相反，清廷统治者并不满足于占领辽东，随着明王朝的急剧衰微，他们趁火打劫的野心迅速膨胀起来，初期是想同农民军瓜分明帝国。皇太极去世前不久，对天下大势已作出了相当准确的判断，他说：“以朕度之，明有必亡之兆。何以言之？彼流寇内讧，土贼蜂起，或百万，或三四十万，攻城略地，莫可止遏。明所恃者惟祖大寿之兵，并锦州、松山之兵，及洪承畴所领各省援兵耳，今皆败亡已尽，即有召募新兵，亦仅可充数，安能拒战？明之将卒，岂但不能敌我，反自行剽掠，自残人民，行赂朝臣，诈为己功；朝臣专尚奸谗，蔽主耳目，私纳贿赂，罚及无罪，赏及无功。以此观之，明之必亡昭然矣。”在这以前，他命多罗饶余贝勒阿巴泰为奉命大将军统兵伐明时就曾指示：“如遇流寇，宜云尔等见明政紊乱，激而成变。我国来征，亦正为此。以善言抚谕之。申戒士卒，勿误杀彼一二人，致与交恶。”由此可以窥知清廷早已处心积虑利用汉族内部阶级拼搏谋取渔翁之利。
1643年八月皇太极病死，幼子福临即位，清廷实权落入摄政王多尔衮手中。次年正月，蒙古鄂尔多斯部落来告大顺军已经占领陕西，多尔衮等立即在正月二十七日派使者往陕北同大顺军联络，信中说：“大清国皇帝致书于西据明地之诸帅：……兹者致书，欲与诸公协谋同力，并取中原，倘混一区宇，富贵共之矣。不知尊意何如耳。惟速驰书使，倾怀以告，是诚至愿也。”大顺军榆林守将王良智收到来信时，李自成已亲统大军向北京推进。王良智虽将清廷来信事报告了李自成，但大顺军领导人对清廷统治者急切于分享胜利果实的企图并没有给以重视。
联络大顺军共同灭明的图谋既未达到，多尔衮等清廷统治者也决不肯放过扩张自身利益的良机。这年三月，清廷决定大举伐明。出师之前，范文程上书摄政诸王，指出明朝灭亡的大势已定，“窃惟成大业以垂休万世者此时，失机会而贻悔将来者亦此时”。“盖以为明劲敌者我国也，抑则流寇也。正如秦失其鹿，楚、汉逐之。虽与明争天下，实与流寇角也”。这就为多尔衮等人用兵提供了总体战略方针。四月初，传来了大顺军攻克北京、明廷覆亡的消息。多尔衮决定趁大顺军立脚未稳，迅速出兵。当时在清都沈阳的朝鲜使者向本国报告说：“顷日九王（指多尔衮）闻中国本坐空虚，数日之内，急聚兵马而行。男丁七十以下，十岁以上，无不从军。成败之判，在此一举。”四月初九日，清摄政睿亲王多尔衮“统领满洲、蒙古兵三之二及汉军恭顺等三王、续顺公兵，声炮起行”。动员兵力之多连清方人士也说“前后兴师，未有如今日之大举”。清廷这次出兵同崇祯年间三次入口大不一样，战略目的已由掠夺财物子女变为进取中原。因此，多尔衮接受范文程、洪承畴的建议，严格约束军纪，规定“有抗拒者必加诛戮，不屠人民，不焚庐舍，不掠财物，……军民秋毫无犯”。进军路线则采纳了洪承畴的意见，准备由蓟州、密云破边墙而入，避免顿兵山海关坚城之下。
四月十五日，清军行至翁后，意外地遇上了吴三桂的使者副将杨珅、游击郭云龙，携带求援书信，内云：“三桂受国厚恩，悯斯民之罹难，拒守边门，欲兴师问罪，以慰人心。奈京东地小，兵力未集，特泣血求助。……王以盖世英雄，值此摧枯拉朽之会，诚难再得之时也。乞念亡国孤臣忠义之言，速选精兵，直入中协、西协；三桂自率所部，合兵以抵都门，灭流寇于宫廷，示大义于中国。则我朝之报北朝岂惟财帛，将裂地以酧，不敢食言。”多尔衮当即决定改变进军路线，直趋山海关。他在回信中说：“伯虽向守辽东，与我为敌，今亦勿因前故尚复怀疑。……今伯若率众来归，必封以故土，晋为藩王，一则国仇得报，一则身家可保，世世子孙长享富贵，如山河之永也。”很明显，吴三桂的信在措词上经过斟酌，以明朝孤臣的名义请求清方合兵共讨农民军，尽管当时明朝廷并不存在，“裂地以酧”也不是他所能决定的，无非是为自己投靠清朝蒙上一层遮羞布而已。多尔衮洞察其心，直截了当地以晋封藩王为诱饵，招降吴三桂。到吴三桂得知李自成亲统大顺军主力迫近山海关，再次派郭云龙催促清军火速来援时，就请求多尔衮“速整虎旅，直入山海”。四月二十日，多尔衮接信知道形势紧迫，为了防止大顺军占领山海关，下令兼程前进。次日，清军以一天二百里的速度急行军于当晚到达距关城十里的地方驻营。这时，大顺军与吴三桂、高第部关、辽兵正在激战之中。
为了明白山海关战役的胜负，分析一下参战各方兵力情况是必要的。大顺军开赴山海关时留下了老弱兵员一万守北京，随李自成、刘宗敏前往平叛的兵马大约为近十万名；吴三桂、高第的关、辽兵合计约为五万；而清军当时的全部兵力为十万，除了摄政郑亲王济尔哈朗率领满、蒙八旗军队三分之一留守沈阳一带外，多尔衮所统满、蒙、汉军队大约为七八万人。自然，在三支军队中清军战斗力最强；吴三桂部是原明朝官军中的精锐；大顺军是自1641年（崇祯十四年）迅速扩展起来的队伍，大部分兵员素质不如清方，但是，他们是一股新兴势力，纪律严明，富于朝气，不像明朝官军那样腐败。由此可见，集结在北京地区的大顺军击破吴三桂、高第部原明朝关、辽兵是绰有余裕的；很可能李自成入京之时调集的兵力也仅满足于此。而介于顺、清之间的吴三桂部则具有举足轻重之势：降顺则李自成的兵力约为来犯之清兵一倍，而且山海关要隘不致拱手让敌，即便在同清军作战中局部失利，大顺政权可征调的增援兵力较清方要大得多；吴三桂叛投清方，双方兵力对比和态势就颠倒过来，清、吴联军在数量上也占了优势。大顺政权在政治、军事上的失策，导致了山海关战役的失败和北京、畿辅、山东等地的易手。
四月十三日晨，大顺军由北京向山海关进发。行至三河县遇到了吴三桂派来的使者，谎称吴三桂仍愿意投诚，请求缓师。在这关键时刻，李自成又一次受骗了，他派明朝降官密云巡抚王则尧以兵政府尚书的官衔去山海关同吴三桂谈判，随即放慢了进军速度。从北京到山海关大约五天可达，大顺军却在八天之后即四月二十日才进抵关西。这时，才知道王则尧已被拘押，吴三桂和高第的军队在关内沿石河一线做好了作战准备，除了武力解决，没有招降余地了。四月二十一日上午辰时（约为八时），山海关战役开始。李自成为了全歼关辽兵，防止吴三桂部被击败后引残部出关降清，作出用兵部署：把主力放在石河西，另外派遣部分军队包抄至关内外，进攻山海关的东罗城、西罗城、北翼城。双方激战一昼夜，到二十二日上午吴三桂军已有不支之势，据守北翼城的一支吴军向大顺军投降。吴三桂见情况危急，亲自带领部分兵马和当地乡绅冲出关门，请清军立即参战。多尔衮统率的清军二十一日晚驻营距关城十里，二十二日晨进至离关城仅二里的威远台（在名叫欢喜岭的小丘陵上，今名威远城，实误）观战。经过几天的使者往返和亲身考察，多尔衮对吴三桂的处境和降清诚意已洞然于心。吴三桂到后当即“赐坐赐茶，面谕关门为第一功”。他对吴三桂等官绅说道：“汝等愿为故主复仇，大义可嘉。予领兵来成全其美。先帝时事，在今日不必言，亦不忍言。但昔为敌国，今为一家。我兵进关，若动人一株草、一颗粒，定以军法处死。汝等分谕大小居民勿得惊慌。”接着又吩咐吴三桂：“尔回，可令尔兵以白布系肩为号。不然，同系汉人，以何为辨？恐致误杀。”说完，让吴三桂立即回关准备接应，同时下令清军从南水门、北水门、关中门三路进关。
清兵进关后，见大顺军从北山至海边排列成一字长蛇阵，多尔衮即令清军沿近海处鳞次布列，吴三桂军排列于清军的右边，采取重点突破战术。这时正值大风扬尘，能见度很低，清军得以从容布阵。少顷，风止，多尔衮一声令下，清军呼啸出击，万马奔腾，飞矢如蝗。大顺军虽拼死抵抗，但强弱易形，兵员同吴三桂军已鏖战一昼夜，面对以逸待劳的清军很快就被击败，阵容大乱，大将刘宗敏也负了伤。李自成立马小岗阜上见败局已定，下令急速撤退。行至永平府范家店时，李自成决定将吴襄处斩。二十六日，回到北京，又杀吴三桂家属三十四口，可见李自成对吴三桂的勾引清兵、叛变欺诈极为痛恨。而吴三桂却在山海关战役刚刚结束就率领关辽军民剃发降清，由多尔衮承制封为平西王。
山海关战役是明清之际直接影响全国局势发展的一场关键性战役，对于推翻明朝后究竟是大顺朝廷还是清朝廷统治全国关系重大。战役的结果是清胜顺败，根本原因在于李自成等大顺军领导人目光短浅，政策和战略上犯了一系列重大错误。山海关战役的意义标志着：一、大顺军的历史使命从此由推翻明王朝转变为抗清斗争；二、清廷统治者梦寐以求的入主中原迈出了关键的一步；三、以吴三桂为倡首在汉族官绅中迅速形成了一股不可忽视的拥清派。
大顺军败回北京以后，李自成曾经考虑过据守北京，二十七、二十八两日采取了备战措施，责令军民火速拆除城外羊马墙及护城河旁房屋。但是，经过斟酌，大顺军领导人终于决定放弃北京，主动西撤。这是因为大顺军在北京地区不可能集中一支足以固守待援的兵力，跟踪而来的清军一旦围城，大顺政权的领导人物和败回兵将就可能成为瓮中之鳖；加上城内居民亲眼看到大顺军败阵而回的狼狈情况，讹言四起，潜在的敌对势力也待衅而动。在这种形势下，李自成断然决定二十九日在北京举行即位典礼后，立即率部西撤。离京前“分付阖城人民，俱各出城避难”，同时下令放火焚毁明代宫殿和各门城楼。大顺军撤退时，“城中扶老携幼西奔者络绎不绝”，一些明朝降官如龚鼎孳、涂必泓等人也自动随军西行。这说明大顺政权在当时仍有相当威望，城中官民对此后局势的变化尚难逆料。
清军在山海关地区作了短暂的休整，即向北京进发。四月三十日晚上，多尔衮在蓟县获悉大顺军已经撤离北京，命令多铎、阿济格和吴三桂等带领精兵火速追击，目的是进一步重创大顺军，尽量截留被大顺军运走的金银财物。他自己率领部分兵力于五月初二日由朝阳门进入北京。当时北京城里的官绅士民并不清楚吴三桂已经投降清朝等情况，纷纷传说吴军杀败大顺军，夺回明太子朱慈烺，即将送回北京即位，因此准备了皇帝的卤簿法驾出城迎接。没想到昂然而来的是清摄政王多尔衮，许多人大吃一惊偷偷溜走，少数官僚则将错就错地把多尔衮迎入劫后仅存的武英殿，拜倒在爱新觉罗皇室脚下。
五月初八日，清军在庆都（今河北省望都县）城东追上大顺军。李自成命蕲侯谷英率兵阻击，被清军击败，谷英阵亡。接着，清军又在真定（今河北省正定县）再次获胜。大顺军在畿辅已无法立足，经井陉退入山西，留精兵扼守固关。追击的清军于五月十二日返回北京。
京师的再次易手，在明朝官绅中又一次造成重大的影响。大顺军进京时绝大部分明朝官绅都报名请用，清兵占领北京后相当一批汉族官绅出于民族隔阂不愿出仕清朝，纷纷南下。杨士聪在一封信中就说：“弟联南来缙绅不下百余人”；“昨闻泛海诸臣，漂没者七十余艘。乐哉诸臣，幸得免于一留再留”，其他先后南窜的官员为数当更多。顺治元年七月清吏部左侍郎沈惟炳在奏疏中写道：“大清入来，规模宏大，安民和众，恩已着矣。而京官南去不返，似怀避地之心；高人决志林藏，似多避世之举。见在列署落落晨星，何以集事而襄泰运哉。”他建议“急行征聘，先收人望”，“此兴朝第一急务也”。在争取汉族缙绅势力上，清廷显然技高一筹。大顺政权的追赃助饷，随后建立的南明弘光政权又以从逆的罪名追究南逃官绅曾经投降“闯贼”而大兴“顺案”，都使相当一部分官绅大失所望，另寻出路。多尔衮进京初期比较谨慎，遇事多听从范文程、洪承畴等汉族官僚的建议。为了取得汉族官绅地主的支持，他以为明帝复仇讨贼相标榜，进京后的第三天就下令：“官民人等为崇祯帝服丧三日，以展舆情。著礼部、太常寺备帝礼具葬。”鉴于明朝后期党争激烈，在京的明朝官僚绝大多数又投降过大顺政权，多尔衮不失时机地广为招徕，入京之初就“大张榜示，与诸朝绅荡涤前秽”。“令在京内阁、六部、都察院等衙门官员，俱以原官同满官一体办事”。不久又进一步明确宣布：“凡文武官员军民人等，不论原属流贼，或为流贼逼勒投降者，若能归服我朝，仍准录用。”这就是说不管是东林一复社党人还是魏忠贤阉党，是明朝官员还是大顺政权官员，只要归附清朝就官复原职，甚至加官晋级。其中突出的例子如涿州（今河北涿县）人冯铨在天启年间依附魏忠贤，爬到大学士，崇祯初革职为民，多尔衮入京后即以书征至，委任为内院大学士，而且因为他熟悉朝廷典故排名第一，位列范文程、刚林、祁充格、宁完我之前。冯铨受宠若惊，请求将名次移后，多尔衮说：“国家尊贤敬客，卿其勿让。”陈名夏在大顺军进京后曾报名任职，清军入关他逃回南方，却被南明弘光朝廷视为“从贼逆臣”，要捉拿归案，他走投无路被迫重返北京投靠清廷，历任显官，一直做到大学士。顺治初年，清吏部向朝廷请示：周伯达在明朝任陕西关西道，在大顺政权中任甘肃节度使；刘达原为明朝临汾知县，大顺时期任巡按河南直指使，究竟应按明朝官级还是按大顺官级授职？清廷决定按大顺所授较高官职录用。陈之龙在明朝为监军道，大顺政权委任为宁夏节度使，降清后仍任巡抚。黄尔性在崇祯末年任明朝汉中府通判，大顺政权授职“道员”（防御使），降清后被英亲王阿济格委任为宁夏巡抚；富平县举人赵兆麟归附大顺政权后，仕至神木道（即神木防御使），降清后也由阿济格委任为郧阳抚院。顺治三年正月，清廷吏部建议把他们降为道级官员，摄政王多尔衮裁决仍以“都堂”（即巡抚）任用。多尔衮还经常命降清的汉族官员荐举人才，形成门生旧友相率入朝的局面。自从明朝中叶以来，缙绅势力迅速膨胀，成为各地举足轻重的社会力量。多尔衮采取大包大揽、求“贤”若渴的方针，就奠定清朝统治而言是最成功的一着。1645 年（清顺治二年、明弘光元年）正月，吏科都给事中朱徽在一份奏疏中说：“去岁五、六月间，人心粗定，引避者多，寮署一空，班行落寞。及摄政殿下宽仁好善之意，播于远迩，暨圣主膺篆御图以后（指上年十月清帝爱新觉罗•福临在北京即位），瑞叶天人，然后东西响应，多士云集，乃有今日，岂易易哉。”这段话颇能说明清廷为争取汉族官绅的支持确实煞费功夫，效果也是很明显的。
在经济上，清廷也实行维护官绅地主利益的政策，宣布凡被起义农民夺去的田产一律“归还本主”。甚至连“前朝勋戚赐田、己业，俱备照旧”。同时规定各地征收田赋一律按万历年间册籍，停征崇祯时期加征的辽饷、剿饷和练饷。对于明朝世代受匠籍制度束缚的手工业工人也全部放免，取消他们对封建官府的人身依附关系。1645 年（顺治二年）五月下诏：“免山东章邱、济阳二县京班匠价。并令各省俱除匠籍为民。”对明朝早已失去军事职能的卫所制度也着手改革，把卫所军士改为屯丁，遇有缺额“永不勾补”。这些措施反映了清廷统治者鉴于明朝不顾人民死活横征暴敛终于导致自身覆亡，有意于减轻百姓负担的愿望。尽管清初社会生产大面积破坏，加以频繁用兵，军需孔急，朝廷颁布的“恩诏”很大程度上口惠而实不至。如时人谈迁记载：“都人谣曰：恩诏纷纷下，差官滚滚来。朝廷无一事，黄纸骗人财。”说明顺治年间和康熙初期的宣布减免赋税并没有多大实际意义，甚至由于奉差官员的敲诈勒索反而加重了人民的困苦。但是，这些政策具有长期性质，对于稳定人心，使流离失所的人口同抛荒的土地逐步重新结合起来，无疑有积极作用，为尔后社会生产的恢复和发展创造了比较有利的条件。
多尔衮刚进关时曾经严令沿途军民一律剃发结辫，遵从满俗。入京后又命令京师官民为崇祯帝吊孝三日后即剃发改制。这一举措立即引起汉族各阶层居民的强烈反感。当时在北京的朝鲜使臣回国后评论道：“入关之初，严禁杀掠，故中原人士无不悦服。及有剃头之举，民皆愤怒。或见我人泣而言曰：‘我以何罪独为此剃头乎’；如此等事，虽似决断，非收拾人心之道也。”由于清廷立脚未稳，朝廷内新归附的汉官非议甚多，在野的更惊畏不至，多尔衮不得不暂时收敛，五月二十四日谕兵部道：“予前因归顺之民无所分别，故令其剃发以别顺逆。今闻甚拂民愿，反非予以文教定民之本心矣。自兹以后，天下臣民照旧束发，悉从其便。”同年七月，又规定“近简用各官，姑依明式速制本品冠服，以便莅事”。
清廷占领北京初期采取的措施，在相当程度上改变了汉族居民记忆犹新的清军三次深入内地屠杀掳掠的残暴形象，特别是对汉族文武官绅招徕有方，不仅使自己迅速在畿辅以及附近地区站稳了脚根，也为此后征服全国奠定了基础。
大顺军在山海关战役中失败的消息传开以后，原大顺政权管辖区内的明朝官绅认为时机已到，迅速纠集兵力发动叛乱，推翻当地的大顺政权。这些发动和参与叛乱的官绅绝大部分是以明朝为正统的，他们对山海关战役和清军入京的情况并不大了解，有的只知道大顺军被吴三桂部杀败；有的虽然知道清军入关，也以为只是吴三桂借用清方兵力。因此，他们打的旗帜大抵是“擒贼复明”。
四月二十七日，山东德州乡绅明朝御史卢世、赵继鼎、主事程先贞、大学士谢升之弟生员谢陛发动叛乱，推举逃难到该地的明宗室庆藩奉国中尉、香河知县朱帅为盟主，假称济王，号召远近。山东和北直隶的许多地方官绅群起响应，不到一个月就占领了山东省德州、省会济南府、东昌府、青州府、临清州、武定州、高唐州、滨州、海丰、蒲台、沾化、莱芜、陵县、乐陵、利津、济阳、商河、齐东、乐安、朝城、恩县、平原、德平、临邑、禹城、阳信、武城、宁津；北直隶的河间府（包括河间、任丘、肃宁、兴济、阜城等八州县）、大名府、景州、冀州、沧州、吴桥、故城、武邑、交河、献县、武强、东光、饶阳、衡水、清河、曲周等，共四十三个州县。朱帅在明朝宗室内的地位很低，只是由于原封在山东境内的鲁王、德王、衡王不是南逃就是被大顺军俘获，找不到合适人选，竟被推为“济王”作为复明的号召。朱帅发布的檄文中说：“不佞派居天裔，义切君亲，适税驾于德城，快凶流之正罪，谬当推戴，统众专征。……闻吾君犹存六尺之孤，况寰宇不止一成之藉。史司马（指明南京兵部尚书史可法）整旅江南，旌斾夹舳舻并进；吴总戎（指吴三桂）扬旍塞北，清兵挟汉将齐驱，屡有捷音，多方响应。知匡复之不远，识中兴之有期。……於戏，新市、平林究扫除于汉祖，思明、庆绪畴摇夺夫唐基，繇来滔天之恶必亡，伊我列祖之灵未坠。共成义举，早睹昌时。”可见山东和河北南部的汉族官绅反叛大顺，是以“中兴”明朝为宗旨的。尽管朱帅为代表的山东、畿南官绅对大顺政权极为仇视，他们的意图是要恢复明朝，在明室“天位未定”之际权宜设官置吏，以待“匡复”。清朝官员后来说他“假济王聚众，欲称尊号”，“徧授乡绅以侍郎、卿、寺之名”；指责朱帅想自称尊号是他入清以后的政敌诬罔之辞，但他确实曾经以“济王”的名义任命了一批不伦不类的官员，现存第一档案馆就有“山东济王府兵部主事臣张吕韬”于七月十三日给清廷的奏本。朱帅檄文里明说“闻吾君犹存六尺之孤”，又特别提到“史司马整旅江南”，他自己只是“统众专征”，并没有用监国以上的名义，这些都说明朱帅和他的拥戴者仅限于为即将继统的明朝新君从大顺政权手中“收复失地”而已。
大顺军撤入山西以后，清军停止了追击，返回北京休息整顿，大约有一个月时间没有采取军事行动，所占地方不过是京师附近一带。李自成又一次犯了战略性的重大错误。他不是坐镇太原，火速从陕西等地调集军队入晋，加强山西防务；相反，却同刘宗敏等高级文官武将率领主力继续西撤，于六月初渡过黄河，返回西安。尽管他在固关留下了大将马重禧；在大同、阳和留下了制将军张天琳；在晋东南长治地区留下了大将刘忠；路过省会太原时留下明朝降将陈永福守御，“且授以坚壁清野之计”；在晋西北保德地区留下了降将唐通；晋南临汾地区又有绵侯袁宗第统兵万人屯于挂甲庄。兵力似乎颇为可观，但这些留守山西的军队各守汛地，缺乏一员威信卓著的将领统一指挥。由于大顺政权覆败后档案材料毁灭殆尽，我们无法得知李自成为什么要那么匆促地返回西安，为什么连长期担任前线总指挥的刘宗敏也没有留镇山西。清军占领畿辅地区后，山西就成了大顺政权同清方对峙的前线，李自成部署之不当又一次证明了他缺乏战略眼光。
五月初十日，一度投降大顺政权的明大同总兵姜瓖发动叛乱，“阳和军民约与镇城军民内应，于是杀（张）天琳及伪中军张黑脸，恢复大同”。姜瓖占据大同地区后，初期也是以复明为号召，他拥戴“境内枣强王朱鼎续先帝之祀”，“委以国政”。按时间推算，这时李自成正在太原地区，却没有对这一雁北重镇发生的重大变故采取任何措施，而是继续西撤。姜瓖随即在清方拉拢下，很快归附了清廷。六月十六日，他接到清兵部信牌传达多尔衮的令旨：“大同总兵官姜瓖忠诚为国，擒杀伪将，平定大同、阳和等功，予甚嘉悦。但立枣强摄理国事，以延先祀等语，甚觉不宜，其枣强王可照旧守其本等爵级。……”姜瓖立即遵令用顺治年号“大张榜示，通行布告军民人等”。这样，大同的复明变成了归清。
明恭顺侯吴惟英之弟吴惟华在多尔衮进京时拜迎马首，自告奋勇前往山西替清朝招安地方。多尔衮欣然同意。六月，吴惟华离京赴晋，在两三个月里联络一些明朝文官武将先后招降了代州、繁峙、崞县、五台，攻克静乐、定襄等州县，从而使清朝控制区扩大到太原以北。
姜瓖在大同叛变投清以后，又发生了唐通在晋、陕交界地区的叛乱。顺治元年八月初六日，清廷以摄政王多尔衮名义写信招降唐通。唐通和姜瓖、吴三桂等人一样都擅长于见风转舵。大顺军兵败撤出畿辅后，他奉李自成之命镇守同陕西相邻的军事要地保德州、偏关地区。由于姜瓖的叛变，大同地区落入清方之手，唐通估计大顺政权难以同清廷抗衡，就在八月下旬以保德州为据点发动叛乱，文告改用明崇祯年号，西渡黄河袭击陕西府谷县，同大顺政权镇守陕北的亳侯李过激战达半月之久。由于变生意外，李过部损失较大。唐通占领了山西保德州、岢岚州、永宁州（今离石县）、河曲县、兴县、岚县、临县和陕西府谷县、葭州（今佳县）一带。清朝委任的山西总兵高勋和唐通有一面之交，于九月初三日派人往保德招降唐通，初七日唐通回信表示愿意归附清朝。十月十一日，他正式拜表投降清廷，改用顺治年号。清廷于十一月将唐通由定西伯加封为定西侯。唐通的叛变，不仅使山西北部全部沦入清方之手，而且由于唐军占领了府谷、黄甫川、清水营和佳县一带，在黄河西岸的陕西境内也建立了据点，对大顺政权的陕北防务构成了威胁。李自成深为愤慨，下令把唐通的母亲和儿子处死。
历史证明，大顺政权在驾驭明朝降将上犯了一系列错误。从1644年到1645年，归附大顺的明朝旧将几乎毫无例外地叛变投敌，对于整个局势的逆转影响极为巨大。李自成的嫡系部队既不如清朝满洲八旗兵强劲，对于来附的明朝将领本应授予高官显爵，改编其军队；即便要任人器使，也应以嫡系大将统精兵为主，降将为辅。李自成宽厚有余，警惕不足，往往任用刚刚投降过来的明朝将领率领原部兵马独挡一面。结果风向一转，叛乱四起，终至土崩瓦解，教训是非常深刻的。
大顺军的攻克北京和崇祯帝的自尽，标志着明王朝的覆亡。但是，淮河以南绝大部分地区仍然处于明政府管辖之下。
当大顺军向北京进军时，南方部分官员知道京师难保，已经作了从海路迎接太子朱慈烺来南京监国的准备。三月二十九日，即在北京失守十天之后，消息就传到了江苏淮安。四月初八日，淮安巡抚路振飞根据塘报向当地官绅宣布了京师失守的重大变故。
这里有两点值得注意，一是淮安距留都南京不远，南京六部等高级官员虽然很快得到了北京陷落的消息，却由于对崇祯帝和他三个儿子的下落不明，不敢轻举妄动，他们严密封锁消息，“禁讹言”，内心里却焦急不安。“诸大老每集议事堂，惟相向攒眉，竟日无一语。或仰视屋之罘罳，咄嗟而已。间曰：‘事如不可知，将奈何？’竟以靴尖蹴地作叹息声，各各散走，以为常。”另一点是北京失陷的消息传到淮安时，福王朱由崧、潞王朱常淓以及周王、恒王都因逃难泊居于淮安城西湖咀。朱由崧和朱常淓也必然想到这一事件对自己的前途可能发生的影响。
南京在明朝初年是帝国的首都，永乐年间迁都北京以后，南京作为留都一直保留了六部、都察院等一整套与北京相对应的中央机构。这种两京制度的特点是：皇帝和内阁大学士等决策人物都在北京，北京的六部等衙门是名副其实的中央权力机构；南京各衙门多为虚衔，公务清闲，任职官员被称为“吏隐”，但地位一般不低于北京相对应的衙门官员。在留都握有实权的是南京参赞机务兵部尚书、南京守备太监和提督南京军务勋臣。
自从大顺军兵临北京城下之日起，朝廷的一切政令无法发出，南京的高级官员大概在接到崇祯皇帝“命天下兵勤王”的诏书以后就再收不到邸报了。召兵紧急勤王和随之而来的音信不通，使南京各衙门大臣、守备太监、勋臣们越来越感到不安。
四月初一日，以南京兵部尚书史可法领衔发布了“号召天下臣民起义勤王捐赀急事”的南都公檄，檄文中提到“南北之耗莫通，河山之险尽失”之类的“宗社危情”，表明他们已经笼罩在一种不祥的预感之中。四月初七日，史可法率兵渡江准备北上“勤王”；几天之后，他误信了一个不可靠的消息，写信给南京詹事府詹事姜曰广说，崇祯帝已乘舟由海道南下，太子也从间道得以逃出，南京的官员们信以为真，一个个喜形于色，奔走相告。谁知第二天就传来了朱由检在三月十九日自尽于煤山的消息，这消息在四月十七日被从北京逃出来的原大学士魏炤乘证实。朝廷既已全部覆亡，作为留都的南京很自然地成了明朝半壁江山的政治中心。这里当政和在籍的大臣如雷轰顶，顿时乱成一团。
对于他们来说，当务之急是立君。由于崇祯帝的三个儿子都被大顺军俘获，未能逃出北京，在没有直系皇位继承人的情况下，南京及其附近地方的大臣、勋贵、太监和拥兵自重的将帅就在拥立哪一位藩王的问题上展开了一场勾心斗角的争执。
以血统亲近而言，崇祯帝的祖父神宗朱翊钧的子、孙还有福王朱由崧、惠王朱常润、桂王朱常瀛（瑞王朱常浩原封汉中，李自成军入陕他逃至四川重庆，甲申六月被大西军处死）；神宗兄弟的儿子则有潞王朱常淓。按照封建伦序观念，自然应该首先考虑福王、桂王、惠王。而在福、桂、惠三王中朱由崧又处于优先地位，这是因为：
第一，三亲藩中福藩（即老福王朱常洵）居长；第二，桂、惠二藩比崇祯帝高一辈，不如朱由崧援引“兄终弟及”（实际是弟终兄及）继统更为适宜；第三，桂、惠二王在崇祯十六年（1643）张献忠部进入湖南时逃往广西，距南京较远，福王却近在淮安。福王朱由崧在伦序和地理上占了明显的有利地位。
在这里，我们应当特别注意东林—复社中一些骨干人士在继统问题上所起的恶劣作用，他们的一些偏见深入人心，一直沿袭到现在。事实上，当时的有识之士都主张由福王朱由崧继统，如淮抚路振飞“遗书南京兵部尚书史可法，谓伦序当在福王，宜早定社稷主”。刘城《上阁部史公书》中说：“自都门失守，大行皇帝凶问频传，虽所传不一，大略颇同，公率先诸臣奉迎福藩殿下，临莅南京，此中外臣民之愿也。”下文说他见到的诏旨仍用监国名义，“未有御极之意”，他极力主张应该“早上尊号”，理由是“伦序应在福藩，大宝之御无可迟滞之端”。给事中李清、章正宸，进士郑元勋等人也持相同态度。李清记载：“北都变闻，在籍钱宗伯谦益有迎潞王议。扬州郑进士元勋密语予：‘予语里人解少司马学龙曰：福从此始矣，神宗四十八年，德泽犹系人心，岂可舍孙立侄？况应立者不立，则谁不可立？万一左良玉挟楚，郑芝龙挟益，各挟天子以令诸侯，谁禁之者？且潞王既立，置福王于何地？死之耶？抑幽之耶？是动天下之兵也，不可。”接着又说章都谏正宸力主应“以福藩为国本”，“时草野闻立潞，皆不平；及（福）王监国，人心乃定”。
然而，江南士绅中的一部分东林党人却从狭隘私利出发，强烈反对由福藩继统，原因是朱由崧的祖母是备受神宗宠爱的郑贵妃，从万历到天启朝廷上围绕着储君问题展开的“妖书”、“梃击”、“移宫”等轰动一时的案件都同郑贵妃有关，何况正是由于东林党人的力争，神宗和郑贵妃希望立福王朱常洵（即朱由崧的父亲）为太子的图谋才化为泡影。因此，他们担心一旦朱由崧登上帝位，重翻旧案，自己在政治上将会失势。在籍礼部侍郎钱谦益当时被视为东林党魁，他两次从原籍常熟赶往南京，以“立贤”为名，到处游说，提议迎立潞王朱常淓。支持钱谦益的有南京兵部侍郎吕大器、南京户部尚书高弘图、右都御史张慎言、詹事府詹事姜曰广等人。一度具有举足轻重地位的首席大臣南京兵部尚书史可法是倾向于东林党的人物，他内心里对拥立福王有所顾忌，但又认为应该按伦序迎立神宗的子孙。
各种南明史籍在迎立问题上记载非常混乱，原因是弘光既立，先前持异议者不免改口，局外人士又难免轻信风闻和自我揣测，弄出种种误解。比较而言，最可靠的记载是直接参与其事的姜曰广所著《过江七事》。按姜氏记载，当时“江南北诸绅”（指钱谦益等热衷于东林门户之见的官绅）“群起拥潞王”。
作为实权人物的史可法处于进退两难的境地，他是东林党人左光斗的得意门生，自然对拥戴福藩继统心存疑虑，但又担心舍亲立疏将引起更大的政治风波。经过反复考虑，他暗自决定前往浦口同凤阳总督马士英商量在桂王与福王之中选定一人。史、马密商的结果是“以亲以贤，惟桂乃可”。至于惠王朱常润不在议立之列是因为他迷信佛教，不懂世事。（朱常润次年降清后给清廷的奏疏中说：“臣自髫年皈依释教，性甘淡薄，只知焚祝，毫无外求。”）第二天，史可法亲自写信给南京高级官员说明定策意见：“迎桂者何？以福、惠之有遗议也，乃舍而立桂也。其潞藩则仿古兵马元帅之制暂借统兵马。”南京的官绅对于这个折中方案比较满意，由南京礼部准备乘舆法物前往广西迎接桂王。
就在这一关键时刻，马士英由浦口回到凤阳，突然得到报告守备凤阳太监卢九德勾结总兵高杰、黄得功、刘良佐决定拥立福王朱由崧。这里有几点值得注意：
一、卢九德在万历末年曾在宫中为老福王朱常洵服役，由他出面联络三镇当出自朱由崧的幕后策划。李清记载：“时王闻，惧不得立，书召南窜总兵高杰与黄得功、刘良佐协谋拥戴。刘泽清素狡，先附立潞议，至是以兵不敌，改计从杰等。”
二、高杰、黄得功、刘良佐的积极参与拥立显然是为了攘取“定策之功”增强自己在政治上的地位。
三、史可法之所以要亲赴浦口同马士英会商，正是因为士英身为凤阳总督，直接节制着高、黄、刘等总兵，借以取得军队支持。不料变生意外，马士英眼看手下大将全部自行投向福藩，如果再遵守同史可法达成的协议，自己只会被驾空、被淘汰，权力的欲望使他顾不上什么信义，抓住时机向福王朱由崧表示效忠。
史可法还蒙在鼓里，继续写信给马士英申说朱由崧“贪、淫、酗酒、不孝、虐下、不读书、干预有司”七不可立的理由。马士英既已改变初衷，参加拥立福王的行列，史可法的来信等于直接指斥行将即位的皇帝，把权力的剑柄交到了马士英手里。马士英立即以凤阳总督和三镇名义正式致书南京守备太监韩赞周宣布拥立福王朱由崧。当南京各大臣被韩赞周邀请到家中传阅马士英的书信时，虽然不少人感到震惊，但是他们既无兵权，立桂、立潞的方案又已胎死腹中，失去了凭借，只好违心地表示同意。拥立潞王朱常淓的主要策划人物钱谦益的表现就颇为典型：“钱谦益侍郎触暑步至膠东（指高弘图）第中，汗渴，解衣，连沃豆汤（指解暑之绿豆汤）三四瓯。问所立？膠东曰：‘福藩。’色不怿，即告别。膠东留之曰：‘天子毋容抗也。’钱悟，仍坐定，遽令仆市乌帽，谓：‘我虽削籍，尝经赦矣，候驾龙江关。’”东林党魁的态度如此，其他原先追随拥潞的人也可想而知了。山东总兵刘泽清一度支持东林骨干拥立潞王，当他得知高杰、黄得功、刘良佐三镇的动向后，自知兵力不敌，立即随风转舵加入了拥立福王的行列。四月末，福王继统已成定局。
由于拥立定策问题对弘光一朝政局的影响极大，有必要作一点分析。前面说过，当时江南东林党人在朝、在野的势力很大，他们中间的骨干分子以“立贤”为名主张舍弃神宗嫡系子孙而拥立穆宗之孙潞王朱常淓，后来的事实证明朱常淓并不“贤”，他们的真正用意是排除福王以确保崇祯时期东林—复社党人在政治上的操纵权，特别是如果潞王以较远的宗支而被迎立，钱谦益等人有“定策”之功肯定可以飞黄腾达。一度处于权力中心的史可法优柔寡断，设想出拥立桂王的折中方案，以为桂、福二藩都是神宗嫡支，以桂抗福可以满足东林党人反对立福藩的愿望，又带着这个方案亲赴浦口同掌握实际兵权的凤阳总督马士英商量，自以为事出万全。结果风云突变，无论他主张拥立的仍是神宗嫡系，在朱由崧眼中他始终是反对自己黄袍加身的重要人物。
就当时情况来说，帝位候选人桂、惠二亲藩离南京较远，福、潞二藩近在淮安，史可法既然主张按照伦序迎立，就应该当机立断，把颠沛潦倒之中的福王朱由崧接来南京继统。这样，朱由崧必将对他刮目相看，马士英和四镇也没有可乘之机。当初私下酝酿立君人选时，史可法曾经对姜曰广说：“以齐桓之伯也，听管仲则治；听易牙、开方则乱。今吾辈之所立者，岂其不惟是听，而又何患焉？”这表明史可法知道落魄之中的福王只要爬上皇帝的宝座，享尽人间富贵就心满意足，在这样一个同“察察为明”的崇祯帝截然相反的庸主下，朝廷大政必然落在自己这帮“君子”手里，事情可以办得很顺当。可是，史可法的这句话一传出去，“拥潞者闻之大哗。以询诸绅，又颇于福推恶。可法于是引避不言矣”。
古语说：“当断不断，反受其乱。”史可法多少有点门户之见固然是原因之一，但他的致命弱点是缺乏雄才大略，总想处处应付，八方妥贴，最后落得个事与愿违。张怡有一段话说得很有意思：“弘光皇帝以播迁之余，丁大乱之后，九庙之焰未息，万姓之席未贴，虽卧薪枕鼓，不足示其殷忧；布衣帛冠，不足表其恭俭，而圣质等于肉糜，皇衷习于市肆，卧深宫而枕宦者，爱比顽童；开后庭以待丽华，惟湛旨酒。李煜、孟昶合为一人；归命、东昏将与同传矣。然而治乱不关其意，故上每任人而不疑；贤才各极其材，故下亦任事而不忌。向使李纲、寇准之流为之相，韩、岳、宗泽之俦为之将。将相同心，不忧中制，中外一德，可弥外忧，即发兵诛不道，远逊萧王（指东汉光武帝刘秀），岂敷天同左袒，至出赵构下哉！”这话是颇有见地的。
在随机应变上，史可法显然不是马士英的对手。当史可法在南京被拥潞、拥嫡各派人士弄得左右为难时，特约马士英会商于浦口，推心置腹地谈了各方面的纷争和自己的折中意见，马士英认为这是自己参与定策的重要机会，正如他后来所说：“立桂，史意也。予曰：亦佳，但须速耳。”他甚至在同史可法达成协议后曾经邀请南京各衙门官员赴浦口当面宣布这一决定，借以显示自己是参与定策迎立桂王的第二号人物。谁知南京六部等大臣认为凤阳总督不过是地方高级官僚，无权召集朝廷大臣开会。自感扫兴的马士英回到凤阳，得知太监卢九德同高杰、黄得功、刘良佐已决定拥立福王，开始是大吃一惊，然而他毕竟屡经宦海浮沉，老于世故，看准了朱由崧要当皇帝已难阻止，有将帅统兵为后盾，有太监在旁翊赞，不足之处正是缺少一员大臣。马士英立即转向，同高杰、黄得功、刘良佐、卢九德等人在凤阳皇陵前立誓拥戴福王，成了定策第一文臣。
为了取得在即将建立的南明朝廷首席大学士职位，他抓住史可法为拥立桂王而列举福王七不可立的来信作为把柄，又针对南京等地东林党人拥潞之声甚嚣尘上，带领兵马护送朱由崧直抵浦口，并且在立福已成定局的情况下发出表文声称：“闻南中有臣尚持异议，臣谨勒兵五万，驻扎江干，以备非常，志危险也。”这一着棋实在厉害，南京最高文臣史可法知道自己上了大当，攻击福王的书信落在马士英手里，白纸黑字，有口难言，他除了满腹悔恨地默默跟随福王朱由崧由浦口乘船前往南京就任监国以外，别无其他选择了。弘光一朝党争的激化、武将的跋扈，最后导致覆亡，关键都是从这里引伸出来的。
李清写道：“使诸臣果以序迎，则上何至书召四镇，士英与杰又何得居功？非钱谦益、吕大器误之而何？”钱谦益、吕大器固然是拥立潞王的主谋人物，但是真正一度拥有决策大权的是史可法，他在这样的重大问题上态度游移，没有断然决定拥立福王，致使朱由崧求助于镇将，从此大权旁落，应当负主要责任。
四月二十九日，福王朱由崧在史可法陪同下，乘舟抵达南京城外燕子矶，南京官绅均往朝见。五月初一日，朱由崧登岸，先拜谒孝陵然后从朝阳门进城，驻于内守备府。谈迁记载了他亲眼目睹朱由崧进入南京的情况：“初，迁闻王谒陵，出朝阳门外，万众伏候。见王乘辇，角巾半污旧，手摇白竹扇，有陇亩风。窃心幸之。不料淫佚败度，为怀愍之续也。”文武百官朝见后商议立福王为主究竟应当立即登极为帝还是暂用监国名义，这里的区别是登极后就没有改变的余地，监国则尚有退步。有的大臣考虑到崇祯三子下落不明，而他们之中任何一人都是较各藩王更符合继承帝位的人选，因此主张再等待一段时间。初三日，朱由崧在南京就任监国，用黄金铸造监国宝，颁谕天下说：
……孤避乱江淮，惊闻凶讣，既痛社稷之墟，益激父母之仇。矢不俱生，志图必报。然度德量力，徘徊未堪。乃兹臣庶，敬尔来迎，谓倡义不可无主，神器不可久虚，因序谬推，连章劝进，固辞未获，勉循舆情，于崇祯十七年五月初三日暂受监国之号，朝见臣民于南都，孤夙夜竞竞，惟思迅扫妖氛，廓清大难。德凉任重，如坠谷渊，同仇是助，犹赖尔臣民。其与天下更始，可大赦天下。
就任监国之后，朱由崧依照廷臣会推，任命原南京兵部尚书史可法为东阁大学士兼礼部尚书，入阁办事；马士英加东阁大学士、兵部尚书、右副都御史衔，仍任凤阳总督。不久又以原詹事府詹事姜曰广为礼部左侍郎，与原礼部尚书王铎，二人兼东阁大学士入阁办事。以张慎言为吏部尚书，召刘宗周为都察院左都御史，其他衙门官员也先后作了安排。按照史可法、高弘图、张慎言等人的意向是尽量让“正人”占据要津，使朝廷建立之始有一番新气象。开初在安排朝廷重臣上，他们得以如愿以偿。然而，这种局面很快就改变了。争夺朝廷权力的较量先从首辅开始。
按明代制度，南京兵部尚书位居留都百官之首，弘光朝廷初立，史可法就成为当然的首席大学士。在定策问题上史可法既被马士英出卖，得不到朱由崧的信任，包括勋臣在内的一些小人立即随风转舵。姜曰广记载，魏国公徐弘基等原先顶奉史可法不啻天人，“权寄稍移，下石随起”，竟然倡言可法“勤王无功”“可杀”。马士英拥立福王本意就在攫取权力，他决不会满足于加几个空衔而官居原职。于是，他先利用诚意伯刘孔昭争入内阁，遭到其他官员以“我朝从无勋臣入阁之例”为理由坚决反对时，刘孔昭立即回答说：“即我不可，马瑶草（士英字）何不可？”朱由崧与马士英早有默契，当即决定召士英入阁辅政。史可法明知自己指斥福王的把柄落在马士英手里，现在马士英既以“定策”首功备受朱由崧青睐，被召入阁辅政，江北不能没有重臣督师，因此，他“自请督师淮扬”。五月十二日朱由崧批准史可法出任督师。
五月十五日，朱由崧正式即位为皇帝，改明年为弘光元年。第二天，马士英入阁主持政务兼任兵部尚书。史可法于十八日陛辞。二十日渡江往淮阳督师。尽管在整个弘光时期，史可法的加衔都略高于马士英，但在朱由崧监国仅半个月之后即被排挤出外，足以说明他的失势。
黄宗羲有以下一段议论：“士英之所以挟可法，与可法之所以受挟于士英者，皆为定策之异议也。当是时，可法不妨明言：始之所以异议者，社稷为重、君为轻之义；委质已定，君臣分明，何嫌何疑而交搆其间乎？城府洞开，小人亦失其所秘，奈何有讳言之心，授士英以引而不发之矢乎？”他接着写道：“臣尝与刘宗周言之，宗周以为然。语之可法，不能用也。”这未免是书生之见。
因为关键在于史可法在议迎立时列举了福王“七不可”的理由，对朱由崧的人品作了全面的攻击；弘光既立，作为人臣的史可法不可能无“讳言之心”，何况以“社稷为重”作解释等于说朱由崧不适合肩任宗社之重担。李清记马士英曾密疏言：“上之得位，由臣及四镇力，其余诸臣皆意戴潞藩；今日弹臣去，明日且拥立潞藩矣。上信其言，为雨泣久之。以后一切朝事，俱委士英。”史出马入，在许多史籍中认为是弘光朝廷夭折的一个重大关键。
诚然，史可法远较马士英清廉正直，但如果认为他留在朝廷秉政，就可以保障江左，进而恢复中原，那就未免对史可法的政治眼光和魄力估计太高了，也不了解南明酝酿立国之时史可法受东林党骨干分子的牵制业已铸下大错。他本人不可能得到新天子的信任还在其次，真正的关键在于按伦序应继承帝位的朱由崧眼看将被东林诸公排斥，为了登上大宝不得不求助于武将，这样才造成了本来无功可录的武将一个个以定策元勋自居。马士英的政治投机虽然保证了他个人地位的上升，但是导致弘光一朝武将跋扈局面的并不是他，而是史可法。一度掌握着拥立大权的史可法未能抓住这个稍纵即逝决定社稷安危大计的机会，定策之功落入军阀之手，弘光既立，无论他在朝辅政，还是在外督师，都改变不了武将胁制朝廷、无意进取的局面。史可法自食苦果，被迫让出首辅之位过江督师，只是证明他决策错误，事机已失，无可挽回。一批倾向东林党的士大夫大喊大嚷“秦桧在内，李纲在外”，国将不国，其实为时已晚。后来的史学家没有弄清事情的因果关系，重复旧说，无助于总结历史的经验教训。在历史上，当权人物可以犯这样、那样的错误，但在关键时刻的关键问题上一步错则步步错，史可法的悲剧正是从这里展开，弘光一朝的毫无作为以至于土崩瓦解主要原因也在这里。
有关南明的大量史籍众说纷纭，大抵都没有说到点子上，本书特三致意焉。
任何一个国家政权要想有所作为，必须首先保持内部稳定。内部稳定又在很大程度上取决于朝廷威望和文武官员的齐心合力。
纵观明代史事，文臣、武将势力虽有消长，朝廷的威信却是至高无上的。大致来说，明初重武轻文，公侯多为开国、靖难元勋。然而，太祖朱元璋、成祖朱棣都是雄才大略的御将之材，勋臣地位虽高，不足对朝廷构成威胁。明中期以后，承平既久，重文轻武之风积重难返，即以用兵而言，出任统帅者均为文臣，直至崇祯年间沿袭未改，武将拥兵自重虽已显露端倪，但迄于明朝北廷覆亡，除了崇祯帝有意包庇的左良玉以外，将领们还不敢违抗朝廷的调遣和朝廷所派重臣的节制，更谈不上操纵朝廷军国重务了。南明几个朝廷最大的特点和致命的弱点正在于依附武将。武将既视皇帝为傀儡，朝廷徒拥虚名，文武交讧，将领纷争，内耗既烈，无暇他顾，根本谈不上恢复进取。南明之不振种因于此，这种局面的始作俑者正是史可法。
史可法在定策问题上犹豫不决，导致朱由崧乞援于武将。弘光既立，高杰、黄得功、刘良佐、刘泽清以败军之将坐收“定策”之功，军阀操纵朝廷的局面业已形成。史可法自知铸下大错，还想竭力挽回。五月初八日他呈上“敬陈第一紧急枢务事”的启本中说：
从来守江南者，必于江北。即六朝之弱，犹争雄于徐、泗、颍、寿之间，其不宜画江而守明矣。但此时贼锋正锐，我兵气靡，备分则力单，顾远则遗近，不得不择可守之地，立定根基，然后鼓锐而前，再图进取。臣以为当酌地利，急设四藩。四藩者：其一淮、徐；其一扬、滁；其一凤、泗；其一庐、六。以淮、扬、泗、庐自守，而以徐、滁、凤、六为进取之基。凡各属之兵马钱粮，皆听其自行征取。如恢一城、夺一邑，即属其分界之内。……而四藩即用靖南伯黄得功、总镇高杰、刘泽清、刘良佐，优以礼数，为我藩屏，听督臣（指马士英）察酌，应驻地方，相机固守。江北之兵声既振，则江南之人情自安。黄得功已封伯，似应进侯；杰、泽清、良佐似应封伯。左良玉恢复楚疆，应照黄得功进侯。马士英合诸镇之功，爵赏似难异同。卢九德事同一体，听司礼监察叙。
姜曰广记：“弘光御极，群臣上言：‘皇上龙飞应运，实惟总兵官，至高杰、黄得功、刘良佐、刘泽清早决大计，拥立圣躬，功在社稷，宜锡五等爵，剖符延世。’诏曰：‘可。’”
这说明史可法、姜曰广等人急于弥补自己在拥立问题上的失误，尽量笼络四镇换取朱由崧和支持他上台的人的好感，实际上是步马士英的后尘。然而，马士英已占先著，五月初九日到达南京。
次日，朱由崧召见史可法、高弘图、姜曰广、马士英四人，让他们迅速议定用人、守江、设兵、理饷的事宜。十一日，史可法再次上启本除了重申设立四镇外还谈到了督师问题，他说：“有四镇，不可无督师，应驻扬州，适中调遣。”弘光朝廷决定封高杰为兴平伯，镇守徐州、泗州地区；刘良佐封广昌伯，镇守凤阳、寿州地区；刘泽清封东平伯，镇守淮安、扬州地区；靖南伯黄得功加封侯爵，镇守滁州、和州一带。史可法提出的四镇驻地和所谓进取之基都在南直隶境内，督师驻地更近在江北咫尺之地扬州。当时的一些人士都看出了史可法的毫无远图，意在保住江南。
李清在采录了这两篇启本后感慨地写道：“然于青、兖、开、汝（指河南、山东一带），似置之不讲矣。”张岱说：“以史阁部之设四镇，不设于山东、河南，乃设于南畿数百里之内，此则阁部之第一失著。”曾任商邱知县的梁以樟上书史可法说：“守江非策也。公今以河南、山东为江南屏蔽，仿唐、宋节度、招讨使之制，于山东设一大藩，经理全省，以图北直；于河南设一大藩，经理全省，以固山、陕，择大臣才兼文武者任之，厚集兵饷，假以便宜。于济宁、归德设行在，以备巡幸，示天下不忘中原，如此克服可期。若弃二省而守江北，则形势已屈，即欲偏安，不可得矣！又四镇咸跋扈，宜使分不宜使合，务别其忠顺强梗之情以懋劝之，而阁部大树兵以自强，乃可制也。”“可法心然其言，然卒不能用。”
从表面看，这些议论都很正确。但考察一下当时的各种因素，史可法有不得已的苦衷。甲申五、六月间，南方诸臣只知道大顺军已占领整个黄河流域，前锋直逼淮上，高杰、刘泽清率部南逃，在这种形势下史可法为防止大顺军饮马长江，作出守淮、守江的部署有其特定的背景。六月中旬以后，大顺军兵败西撤，畿南、山东、河南等地官绅反叛大顺政权，陷于一片混乱当中。就弘光朝廷而言，趁清军尚未南下之时，出军北上，会合这些地方的官绅武装，扩大自己的管辖区，自然不失为一着高棋。史可法未必看不到这一点。问题是，高杰、黄得功、刘良佐、刘泽清已因“定策”有功，备受弘光帝和马士英的宠信，志骄气盈，一心追求的是在江北争夺繁华之地，既可过太平日子，又可就近要挟朝廷。史可法出任督师时已是“失势悯墨”之人，他根本指挥不了“四镇”，只好奔走调停于四镇之间，如奉骄子，一筹莫展。
下面对四镇的来历作一简单介绍。
黄得功，字虎山，开原卫人，出身行伍。崇祯年间长期在南直隶江北、河南一带同张献忠、革左五营等部义军作战，升至庐州总兵。明亡前夕随马士英平定河南永城叛将刘超，论功封为靖南伯。
刘良佐，字明辅，北直隶人，因常骑一匹杂色马，人称花马刘。崇祯年间统兵在宿松、庐州、六安一带同义军作战，升任总兵官。北都覆亡时他带的军队驻在河南正阳地区，甲申四月应凤阳总督马士英邀请率部进入南直隶，“沿途淫劫，临淮民闻其将至，严兵固守。良佐怒，攻之，不下”。马士英让他移驻寿县一带。关于刘良佐有一点需要特别注意，他的弟弟刘良臣早在1631年（明崇祯四年）大凌河之役时任游击，就已随总兵祖大寿投降清廷。后来清军南下时，他不战而降当与此有关。
高杰，字英吾，陕西米脂人，原为李自成部将，绰号翻山鹞，投降明政府后多次参加对农民军的追剿，升任总兵。甲申初大顺军渡河东征，明朝武将大批归附，高杰因为同李自成有宿怨，不敢投降，率部由陕西经山西、河南怀庆一直逃到山东。高部进入山东时，见地方百姓对明朝廷已失去信心，盼望大顺军早日到来。为了顺利通过各州县并取得粮饷，高部将领竟然冒充为大顺军。康熙年间金乡知县沈渊记载了当地的一件掌故：“犹忆闻之老者，谓当崇祯甲申三月（当为二月，见注）有号翻天鹞子者，高杰麾下将也。挟逃兵数千人假名‘闯王安民’，兵薄金乡城。方是时，寇贼充斥，金乡官民守城，城门昼夜闭，而见贼言如此，喜其安民，方谋牛酒迎劳，且遥问安民何如？贼且作宣诏状，有‘禁掳、禁杀，敢违者斩无赦’诸语，彼军士则狂走如骛，汹汹不可遏，守者方疑之。”高杰在夺路狂奔之际，派使者到寿州同凤阳总督马士英联系。士英得知他部下有兵三万、马骡九千，立即回信让高杰部屯驻徐州，听从自己节制。高杰赴寿州谒见马士英后回镇徐州，不久就由于太监卢九德的穿针引线，成了“定策”元勋。
刘泽清，字鹤洲，山东曹县人，出身行伍，崇祯末年升至山东总兵。大顺军迫近北京时，崇祯帝命他率部火速入卫京师，他谎称坠马受伤，拒不奉诏。不久大顺军进入山东，他带领主力向南逃至淮安。在南京诸臣商议立君的问题上，他起初迎合东林党人钱谦益、吕大器等主张拥立潞王朱常淓，后来得知黄得功、高杰、刘良佐和马士英已经决策拥立福王朱由崧，他自知兵力不敌，立即摇身一变，加入了拥福的行列。
四镇中高杰、黄得功兵力较强。高杰、刘泽清是望风而逃的败将，本应受到朝廷的惩罚；黄得功、刘良佐在甲申年间也无“功”可录，只是由于他们以兵力作后盾使朱由崧得以如愿以偿登上皇帝的宝座，都成了定策功臣。五月十七日，黄得功进封为靖南侯、高杰为兴平伯、刘泽清东平伯、刘良佐广昌伯；世守武昌的左良玉虽然没有参加定策，但他兵多将广，也进封为宁南侯。正因为四镇的形成本不是在为明室收复“失地”中作出过什么贡献，而是在策立上对朱由崧个人有功。就弘光、马士英而言，需要凭借他们的兵力慑服江南士绅；四镇也自恃有功，“天子乃我辈所立”，从此骄悍跋扈，一味麕集于南直隶江北地区争夺“善地”以自肥，进而挟制朝廷。
关于四镇封爵的问题，种根于迎立新君上的分歧。具体情节各书记载不完全相同。应延吉记甲申十一月史可法对他说：“天下事已不可为。先帝变日，予待罪南枢，分固应死，转念天下国家之重，庶几主器得人，希绍一成一旅之烈，不意决裂至此！揆厥所由，职由四镇尾大不掉。为今之计，惟斩四臣头悬之国门，以为任事不忠之戒，或其有济。昔之建议而封四镇者，高弘图也；从中主张赞成其事者，姜曰广、马士英也；依违其间，无所救正者，余也。”
黄宗羲的说法是：“马士英既借四镇以迎立，四镇遂为士英所结。史可法亦恐四镇之不悦己也，急封爵以慰之。君子知其无能为矣。”姜曰广记：“先是，封事起仓卒，诸将条上事宜，上许焉。一切诛戮、署置、盐课、商税以及正供之赋，俱得便宜从事，俨然藩镇矣。”姜曰广和北大司寇（刑部尚书）解学龙等上言若不改变，“深酿地方忧”。马士英回答道：“史送之，令吾夺之，不能！”
弘光帝即位不久，江西总督袁继咸朝见时面奏：“封爵以劝有功。无功而伯，则有功者不劝；跋扈而伯，则跋扈者愈多。”朱由崧表面上赞成袁继咸的意见，叹气说：“事已成，奈何？”实际上正如六月二十日国子监典籍李模疏中所言：“今日拥立之事，皇上不以得位为利，诸臣何敢以定策为名？甚至定策之名加之镇将。镇将事先帝，未闻效桑榆之收；事皇上，未闻彰汗马之绩。案其实亦在戴罪之科。予之定策，其何敢安？”这话说到了问题的实质。
南明的几个朝廷都是由武将拥立和操纵，从来驾驭不了武将。武将既不以是否为国出力受赏罚，而是靠挟制朝廷加官晋爵，一旦形势不利，倒戈相向，保全富贵，自在意料当中。总而言之，南明立国之初，底子就没有打好，作为关键人物的史可法没有断然决策迎立福王朱由崧，利用皇权稳住大局，收拾残疆，是重大的失策；朱由崧眼看有当不上皇帝的危险，急忙派人召镇将拥立，授以“定策”之名。从此太阿倒持，军人专政，国已不国。军阀之间又矛盾重重，勇于私斗，怯于公战；文臣或依附某一军阀为靠山，或束手无策，放言高论者有之，引避远遁者有之，坐看江河日下，国土沦丧。南明之未能比拟于东晋、南宋，其源全出于此。后来在赣州殉难的隆武朝大学士杨廷麟曾赋诗寄慨云：“帝京何日复，请将近承恩”，“王室犹多难，书生且论功”，对弘光至隆武朝事作了简要的概括。
四镇既以定策功封爵，“人人有门生天子心”，桀骜不驯。督师大学士史可法在讲话时常引用“圣旨”，高杰大不以为然，当面顶撞道：“旨、旨，何旨也！尔曾见皇极殿中有人走马耶！”黄得功有一次跪着听使者宣读诏书，觉得不合自己的意思，不待读完就爬起来，“攘袂掀案，大詈曰：去！速去！吾不知是何诏也！”在极其重视君臣之份的中国封建社会里，这种场面是很罕见的。他们对廷臣有所不满时，就上疏云“乞付军前正法”。刘泽清在陛见弘光帝时大言无忌地说：“祖宗天下，为白面书生坏尽，此曹宜束之高阁。俟臣杀贼后，取而拂拭用之，以听其受享可也！今请罢制科勿设便。”史可法在军中写信给大学士高弘图，“盛言‘镇锋恶，盍谨避之！’”。四镇的气焰如此嚣张，皇帝和廷臣也无可奈何，马士英虽然投机附和镇将得以位居首辅，但他同样受制于四镇和左良玉，毫无作为。
四镇的驻地为：黄得功驻真州（仪征）、刘良佐驻寿州（今寿县）、刘泽清驻淮安，高杰原受命安顿家口于扬州城外然后统兵北征。可是，高杰贪图扬州富庶，要求将家口安置于城内。扬州的百姓见高杰部下士卒在附近村庄到处抢掠焚杀，“烟火蔽日”、“僵尸遍野”，纷纷罢市登陴，不让高军入城。高杰恼羞成怒，于六月初七日下令攻城。扬州进士郑元勋从中调停，同高杰面议只让官兵家眷安置城内，不在城内驻军。不料扬州百姓群情激愤，当场击杀郑元勋。督师大学士史可法亲自来到扬州城外的高杰军营里，婉转劝说，一味姑息牵就。“阁部之行也，以川兵三百自随，杰疑之，可法即分与二百人，然杰疑如故。……杰防可法甚严，一切出入文移必呈杰始达可法。……可法留杰营月余，不得要领”。经过反复磋商，最后决定把扬州附近的瓜州作为高军安顿之地。
江北四镇是这样跋扈自雄，世镇武昌的宁南侯左良玉在崇祯年间就已尾大不掉，自行其是。弘光监国和即位的诏书颁到武昌，他一度拒绝开读，在湖广巡抚何腾蛟、部下监纪副总兵卢鼎等人的劝说下，才勉强开读成礼。南明其他将领如郑芝龙、方国安等人见大将如此，也各自盘算自身利益，不以国事为念。
明后期的党争是统治集团内部矛盾激化的表现，它贯串于万历以后整个政治生活中，一直延续到南明。崇祯在位的十七年间党争基本上限于在朝、在野的官绅当中；弘光以后军阀势力介入，朝中文臣往往以武将为靠山，使党争变得更加复杂尖锐。在一定意义上可以说，党争是导致明朝灭亡的一个重要原因。
南明第一个朝廷——南京政权从酝酿建立开始，就发生立福、立潞的争议，所谓“立贤”、“立亲”不过是表面文章，实质上是不同利益集团为争夺新政权垄断地位的一场争斗。弘光即位的时候，全国已处于四分五裂的状态，清朝、大顺、以至张献忠的大西政权都面临一个争取人才为己所用的问题，弘光政权也不例外。在争取人才方面，史可法是比较清醒的，当五月初起草监国诏书时，原稿起用废臣一款内有“除封疆（指任职期间所管地方失守）、逆案、计典、赃私不准起用”一语，他认为“国事之败坏非常，人才之汇征宜广，未可仍执往时之例”，把这句话删去。一两天后正式发布时，连史可法也不知道是怎么回事，仍照原本发出。后来史可法上言又引马士英奏曰：“监国诏书，据阁臣史可法疏谓，逆案等事俱抹去，而吕大器添入之。是以戎臣而增减诏书也。”总之，集中于南京附近江浙人文荟萃之地的一批官僚（他们大多是东林—复社人士）有一个如意盘算，一方面趁北都陷没，朝臣除极少数“死节”以外几乎都投降了大顺政权成为“从贼伪官”；一方面又以不准起用“逆案”等旧例为理由阻挡另一批在野官绅入仕，这样可以为自己控制从中央到地方的全部要津铺平道路。由于历史的原因，他们担心福王朱由崧即位可能掀翻逆案，使自己在政治上失势。朱由崧不得不凭借四镇武将的支持登上帝位，由此形成武将无功封爵、跋扈自雄的局面。四镇的遥控朝政，使东林—复社党人垄断朝政的图谋遭到重大挫折，这本来是他们自己种下的苦果。然而，一贯以清流自命的东林—复社骨干从来不肯承认自己私心自用，而是集中火力攻击投机取巧的马士英和他援引的阮大铖，似乎事情全坏在马阮乱政，掀翻逆案，正人君子连袂而去，众小翩翩入朝，终于导致南京弘光政权的覆亡。这种观点由黄宗羲创立的浙东史派发扬光大，流传三百多年，至今尚未廓清。
弘光初立的时候，大臣多是东林—复社人士心目中的正人君子。这种局面没有维持多久，姜曰广、高弘图、张慎言、刘宗周等人相继被排挤出朝。然而，这并不是掀翻逆案的结果，直到弘光朝廷覆亡，列名魏忠贤逆案中的人物极少起用。何况，弘光朝廷面对的是“大顺”和清方，起用不起用逆案官绅无关大局。清兵进入北京后留用大批降闯官员、礼聘逆案首魁冯铨，是其成功之策，而不是失败之著。弘光朝廷内部矛盾酝酿和激化始终是围绕“定策”问题展开的。就东林—复社骨干人士而言，本意是从帮派利益出发反对迎立福王，福王既立，“天位已定”，东林—复社骨干人士希望破产。四镇和及时转舵的马士英以定策之功自诩，洋洋得意。东林—复社人士妬意倍增，他们既不敢把矛头指向“当今皇帝”，只好把马士英作为攻击的靶子。
马士英固然不是救时之相，但把他打入另册，列入《明史》奸臣传是毫无道理的。至于把他同阮大铖挂在一起称之为“阉祸”更是无中生有。马士英热衷于权势，这在明末官场上是一种极为普遍的现象。在政治态度上，他原来倾向于东林—复社，后来东林—复社人士抨击马士英最激烈的是他起用阮大铖。由于阮大铖名列崇祯初魏忠贤逆案，于是把掀翻逆案作为马士英的一条主要罪状，全线出击。然而，这条罪名能否成立很值得研究。
第一，阮大铖为人小有才，本非志节之士，这是一回事；他的列名魏忠贤逆案是否恰当又是一回事。当魏忠贤声势煊赫之时，阮大铖并没有明显的劣迹，在朝时间也极短。他之所以列入“钦定逆案”原因是崇祯帝继位，魏忠贤刚刚垮台，朝廷上两派势力的争斗尚未明朗化，阮大铖急于入朝做官，草拟了两份内容不同的奏疏，一是专攻魏党，一是所谓“合并共算”，也就是既攻魏党又攻东林。他派人把疏稿送往北京请友人杨维垣相机行事。不料，杨维垣取己所需，把后一疏封进。这件两面开弓的奏疏通过邸报流传后，东林人士为之大哗。阮大铖因此以“阴行赞导”的罪名列入逆案第三等，永不叙用。平心而论，东林—复社人士门户之见极深，他们把阮大铖打成逆案很难自圆其说，比如说他谒见魏忠贤后随即行贿给魏的门子赎出名刺，就是莫须有的罪状；说他在魏忠贤得势之时即辞职还家是早已看出魏忠贤必定垮台，更站不住脚。阮大铖在魏忠贤垮台之后还看不清政局的走向，怎么能说他在天启年间就预知朱由校会短命、崇祯帝将即位？总之，“阴行赞导”的罪名难以成立。阮大铖触霉头是在崇祯初出于投机得罪了东林党人。阮大铖政治上失意，借寓南京编演新戏，交结朋友，声歌自娱，这在当时的留都也是极平常的事。不料，顾杲、吴应箕、陈贞慧这批公子哥儿看得老大不顺眼，心想秦淮歌妓、莺歌燕舞乃我辈专利，阮胡子来凑什么热闹。崇祯十一年（1638）八月，他们写了一篇《留都防乱公揭》广泛征集签名，对阮大铖鸣鼓而攻之，文中充满了危言耸听的不实之词。阮大铖挂名“钦定逆案”，有口难辩，一败涂地；陈贞慧等人自以为痛打落水狗，功德无量。
崇祯十四年（1641），东林—复社人士以不光彩的手段，重贿司礼监太监，使周延儒再次出任首辅。阮大铖为了东山再起，一面参与拼凑贿金，一面向“东林诸君子”苦苦哀求：“所不改心以相事者，有如兹水。”一些东林人士表示谅解，又遭到周镳等人的坚决反对。周延儒既然得到阮大铖的资助。又碍于东林骨干的要挟，采取折衷办法，接受阮大铖的推荐，起用其同年好友、革职遣戍的原宣府巡抚马士英为凤阳总督。马士英自然对阮大铖有怀恩必报之念。他出任弘光朝廷首席大学士以后，就以定策和边才为名竭力推荐阮大铖，上疏说：“臣至浦口，与诸臣面商定策。大铖从山中致书于臣及操臣刘孔昭，戒以力扫邪谋，坚持伦序。臣甚韪之。但本官天启年间曾任吏科都，同官魏大中争缺，本官虽近让，与当时诸臣嫌隙遂开，因牵入魏忠贤逆案。其实本官既未建祠，未称功诵德，径坐以阴行赞导。夫谓之赞导，已无实迹，且曰阴行，宁有确据？故臣谓其才可用，罪可宥也。”马士英的上疏立即遭到东林—复社人士的强烈反对。他不顾其他阁臣异议，亲自票拟，六月间取得弘光帝同意：“召逆案为民阮大铖冠带来京陛见。”阮大铖出仕已成定局；八月，弘光帝又依从安远侯柳祚昌的提议，不经朝臣会议，直接任命他为兵部添设右侍郎。
第二，马士英建议起用阮大铖原意只是报知遇之恩，并没有掀翻“逆案”的意思，比起史可法开“逆案”之禁要保守得多。这点从他在奏疏中为阮大铖开脱“阴行赞导”的逆迹可以得到证明。陈子龙记载他曾劝告马士英不要“犯天下之怒”起用逆案人物阮大铖，马士英回答说：“逆案本不可翻也，止以怀宁一人才，不可废耳。”马士英本是倾向东林的人物，他没有很深的门户之见，爬上首席大学士之后，颇想联络各方面人士，特别是东林—复社的头面人物，造成众望所归、和衷共济的局面。阮大铖废置多年，不甘寂寞，安排适当官职，任才器使，对弘光政权并不会造成多少损害。相形之下，东林骨干的迂腐偏狭令人惊异。他们当中的许多人出仕以来从来没有什么实际业绩，而是以讲学结社，放言高论，犯颜敢谏，“直声名震天下”，然后就自封为治世之良臣，似乎只要他们在位，即可立见太平。实际上根本不是这么回事。
甲申夏初，明朝南方官绅处于国难当头之时，东林—复社的主要人物关心的焦点不是如何共赴国难，而是在残存的半壁江山内争夺最高统治权力。排除福王继统的阴谋破产后，他们又出于防微杜渐的考虑惟恐阮大铖起用导致整个“逆案”掀翻。于是，抓住马士英推荐阮大铖一事大闹朝堂。名望甚高的刘宗周九月初三日上疏说：“大铖进退，关江左兴衰。”人们议论明末以来的党争时，往往受东林骨干人士的影响，偏颇特甚。黄宗羲起的作用最为恶劣。他因为反清义士夏允彝的遗著《幸存录》持论比较公允，竟然大动肝火，专门写了一篇《汰存录》痛加驳斥，指责夏允彝“是非倒置”，所著《幸存录》是“不幸存录”。黄宗羲的基本论点只是一句话，东林人士是“君子”，与东林异调者为“小人”。夏允彝书中说：“东林之持论高，而于筹边制寇，卒无实着。”黄宗羲真不愧是刘宗周的弟子，反驳道：“夫筹边制寇之实着，在亲君子远小人而已。”这无异是说，东林—复社人士孜孜以求的正是一派掌权，达不到目的就破口大骂。被东林—复社人士奉为圭臬的刘宗周就是抱着这种态度行事的，他的儿子刘汋记载：“有朝绅为马士英解于先生曰：枢辅甚向慕先生；先生不吝一见，无有不归命者。所贵大君子以其能化小人为君子，今日国事为重，不宜拒绝太深。先生不答。后士英所亲再四言之，先生亦不答。”
李清等人记载：“马辅士英初亦有意为君子，实廷臣激之走险。当其出刘入阮时，赋诗曰：‘苏蕙才名千古绝，阳台歌舞世无多。若使同房不相妬，也应快杀窦连波。’盖以若兰喻刘、阳台喻阮也。”可见，马士英并没有排挤东林—复社人士的意思。直到弘光元年二月，诚意伯刘孔昭上言：“珰案昭雪，专为阴行赞导原无实迹者言之耳，若献媚有据，岂应翻案？”弘光朝廷接受了这一意见，下令“逆案无得滥雪”。这又说明，整个弘光在位时期，并没有“掀翻逆案”。东林—复社人士的记载中常见一种说法：马士英、阮大铖针锋相对地提出：“彼攻逆案，吾作顺案相对耳。”实际上大量材料证明，朝野人士中对在北京投降大顺政权的官员大加挞伐和主持分等定案的主要是以气节自命的东林—复社人士。马士英曾经上疏要求惩办从“贼”诸臣，其中一段云：“更有大逆之尤如庶吉士周钟劝进未已，上书于贼，劝其早定江南。昨日病中，东镇刘泽清来见，诵其劝进表一联云：‘比尧舜而多武功，迈汤武而无惭德。’臣闻之不胜发指。其伯父周应秋、周维持皆为魏忠贤走狗，本犯复为闯贼之臣，枭狡萃于一门，宜加赤族。而其胞兄周铨，尚厕衣冠之列；其亲堂弟周镳，俨然寅清之署，均当从坐，以清逆党。”这份奏疏斥责周应秋等“为魏忠贤走狗”，显然没有掀翻逆案的意思。弘光一朝诛杀“从贼伪官”仅光时亨、周钟、武愫三人，周镳的被牵连勒令自杀，另有原因，这里不能细说。
总之，把弘光一朝的党争说成是马、阮阉党同东林—复社“正人君子”的较量并不正确。核心问题始终是围绕着“定策”而展开的。阮大铖的起用虽出于马士英的推荐，但他的受到重用，由削职为民被任为兵部侍郎、兵部尚书巡视江防，原因是他力主拥立福王，从而得到朱由崧的信任。弘光即位之后，原先主张立潞王朱常淓或持保留态度的大臣内心明白自己已经失势，朝廷大权实际上落入了“定策”武臣和迎合四镇的马士英等人手中，而这种局面又是他们一手造成的。他们像哑子吃黄连一样有苦难言，一部分人借攻阮大铖、攻四镇，想稳定自己的地位，结果败下阵来，自行引退，如兵部侍郎吕大器、大学士高弘图、姜曰广、吏部尚书张慎言；另一部分则委曲求全，如史可法被迫交出首席大学士的职务，“自请督师”。另一位东林钜子钱谦益的表现更具特色。他在南京立国前竭力鼓吹立潞；马士英、阮大铖得势后，又摇身一变，为马、阮唱赞歌。在奏疏中说：“臣观三十年来，文臣出镇，克奏肤功者，孙承宗后马士英一人耳。”又说：“先帝钦定逆案，一时握笔之臣，未免轻重有心，故出故入。……逆案之故入者，阮大铖当周宗建攻逆阉时实赞其议，安有引人攻阉而身反赞导者？”由于他转变得快，由礼部侍郎升任尚书。
弘光立国仅仅一年时间，大臣联袂而去，给人们一种印象似乎是马、阮奸臣当道，驱逐群贤。实际上是因为参预定策者多为大臣，在定策中持异议者自必不安其位。另一个原因是那些致仕回家的大臣并没有料到清兵南下，弘光政权迅速瓦解，他们原以为可以雍容有度地在家乡或借寓之地（如张慎言）过乡绅日子，等待朝廷局面改观时东山再起。自然，他们又一次失算了。事实证明，弘光一朝的大臣当中没有一个安邦定国之材。
朝廷大臣矛盾激化，旷日持久的唇枪舌战，置国事于不顾。一些有识之士也感到国难当头，应当捐弃门户之见。七月，户科给事中熊汝霖上言：“臣观目前大势，无论恢复未能，即偏安尚未稳。孜孜讨究，止应有兵饷战守四字，今改为异同恩怨四字。”可是，弘光政权一直是在大臣和军阀的勾心斗角中苟且偷安，在内讧中粉墨登场，在内讧中分崩离析。
1644年五月，大顺军西撤以后，山东、河北等地的大顺地方政权被明朝官绅颠覆；清军占领了北京附近地区，由于强制推行剃头等政策，京师附近的居民惶惧不宁，许多地方揭竿而起反对清朝的统治。三河县、昌平州、良乡、宛平、大兴、霸州、东安、武清、漷县、天津等地“盗贼”“千百成群”，以至“辇毂近地，几同化外”，连京师所用的西山煤炭也因为道路阻隔无法运入城内。京师内外百姓流言四起，盛传清军将有屠民之举。多尔衮等清廷统治者一再辟谣，安定民心，同时派兵遣将进行扫荡，“辇毂之下，盗贼窃发，及至捕获，少长尽置于法”，连“老稚不能弯弓操刃者”也滥加屠戮。在这种情况下，清廷需要一段稳定自己在京畿地区的统治和养兵蓄锐的时间。何况大顺军尚扼守山西，清廷有所顾忌，不敢轻易以主力南下。因此，畿南、山东和豫东地区在两三个月里处于近似权力真空的局面。
弘光朝廷的按兵不动，给清廷以可乘之机。早在五月十二日，清都察院参政祖可法、张存仁就上言：“山东乃粮运之道，山西乃商贾之途，急宜招抚。若二省兵民归我版图，则财赋有出，国用不匮矣。”同月二十五日，清廷派明降臣方大猷为监军副使招抚山东。六月初四日，又派明降臣王鳌永以户、工二部侍郎名义招抚山东、河南。同月初十日，多尔衮派固山额真觉罗巴哈纳、石廷柱统兵收取山东，十四日派固山额真叶臣领兵收取山西。觉罗巴哈纳、石廷柱先声夺人发出檄文说：“奉摄政王令旨，各调兵马前往山东等处。所过地方官民出郭迎接，违者以抗师治罪。”同时又以平西王吴三桂名义大张文告，云为安抚残黎事称“摄政王简选虎贲数十万南下，牌仰山东等处速速投降”。二十一日，巴哈纳等带领的清军进抵德州。朱帅和参预反叛大顺政权的明朝官绅“仍欲拒命”，不愿归附清朝。只是由于“济王”部下都是些乌合之众，又得不到龟缩于江淮一带南明阁部史可法等人的支援，德州知州张有芳惟恐贻祸地方，到处游说，朱帅等被迫解散部众，拜表归顺清廷。畿南、山东大批州县就这样拱手让给了清朝。
值得注意的是，奉命收取山东的清军不仅兵力有限，而且由于清廷也看出自己真正的对手是大顺军，所以二十九日觉罗巴哈纳、石廷柱报告已平定了霸州、沧州、德州、临清之后，多尔衮并没有叫他们继续南下，而是在七月初三日下令将觉罗巴哈纳、石廷柱部调往山西，会同叶臣部合攻太原等地的大顺军。这两部清军调走以后，王鳌永、方大猷临时拼凑了一些散兵游勇，不仅战斗力单薄，数额也只有几千人。顺治元年七月初三日清兵部右侍郎金之俊报告：“山东全区，并无一贼”，“但目下虽幸无贼，独苦无官”。奉硃批：“□（东）省并无一贼，抚臣亟当推用。这事情吏、兵二部确议速复。”弘光君臣一味偏安江左，毫无进取之意，王鳌永、方大猷仅凭清朝的声威到处接管山东未附各州县。七月十二日王鳌永启本中说：“臣于六月二十九日在德州拜疏后，七月初一日行至平原，值恩县土贼猖獗，恩、平两县相距二十余里，臣因留驻平原二日，遣官安抚。旋以省城（济南）土贼告急，人心汹汹，历城县知县朱廷翰络绎遣人催臣入省。臣随于初四日至禹城，初五日至济南，土贼闻臣至，各望风解散。臣亦分头遣官宣布圣朝德意。即有一二顽梗，地方官自足制之，可以不烦大兵。”下文说第二天（初六日）明权德府事泰安王朱由率领明德藩各郡王宗室具表归降，山东掌印都司苏邦政、济南府推官钟性朴等文武官员、乡绅也纷纷投顺。随后明朝署东昌道事工部主事于连跃以东昌府、临清州归附，青州府通判李懋学、推官彭钦以青州府城归附，而当时“省城营兵尽汰，中原全无，文武佐贰亦缺，无官可遣”。直到八月间山东许多地方仍不愿归附清朝，例如距省会济南仅三百余里的新泰县在大顺政权委派的县令周祚鼎坚持下，六次拒绝王鳌永、方大猷的招降。在这前后山东各地百姓的反清义举此伏彼起，都是一种自发的斗争，从来没有得到南明弘光朝廷的支持。
自从明末以来，山东一省地方性的农民起义连绵不断，明朝廷的统治已经很不稳固。大顺政权接管该省后，由于实行免赋政策，派遣的官员奉公守法，吏治严明，受到当地贫苦百姓的拥护。原先所谓的“土贼”有的自行解散归农，有的改编为大顺政权的地方武装，一度出现了多年未见的平静局面。大顺军主力西撤后，明朝官绅乘机颠覆大顺地方政权，实行反攻倒算，许多地方的农民又自发地组织武装同官绅势力作对。如靠近北直隶的冠县在大顺县令逃跑后，有“土贼裴守政、马瑞恒、刘桐相等蜂起”，两年后才被清政府镇压下去。胶东地区随着大顺政权的瓦解也陷入一片混乱之中，许多地方在当地义军控制之下，原明朝设置在登州的防抚曾化龙也掌握部分兵力，盘踞地方。五月间，灵山卫义军张大雅、张千出、韩继本，高密县义军单之赏、张宇等部围攻胶州。六月初六日，曾化龙派登州守将滕胤玉等统兵击退义军，解胶州之围。昌邑县土豪李好贤率众向曾化龙投降，张大雅、张千出被擒杀。可是，曾化龙得知清军占领京畿以后，却丢下防守地区，同胶州知州郭文祥一道航海南逃。胶东地区处于无政府状态。清廷在这年秋天任命柯永盛为胶镇总兵，轻而易举地接管了该地。
这一地区的义军胶州韩继本，高密单之赏、张宇，即墨黄宗贤、周六、丘尚佐、王尔玺，平度搭毛、翟五和尚、张广等部先后被柯永盛部清军扫灭。《即墨县志》载：“无赖贼郭尔标倡众为乱，诸孽附之。贼之在姑密胶东者亦相与为响应，众十余万，号十四营，环围即墨。”当地绅衿先向明朝官员请援，毫无所得，改向清胶州总兵柯永盛求救，才将义军击溃。其时声势特别浩大的是兖州府、济宁州、曹州府以至沂州府属蒙阴县一带的农民起义。嘉祥满家洞有宫文彩“僭称擎天王，拥贼二万有奇”，傅家楼等地还有马应试（大顺政权授掌旅之职）、李文盛、宋二烟、杨鸿升、杨之华、阎清宇等领导的武装，为众不下数万。在大顺军西撤后，他们仍然“坚事逆闯”，“安心附逆，旗帜之上大书闯贼年号”。顺治元年九月，清山东巡抚方大猷在“为塘报事”揭帖中写道：“嘉祥地方满家洞土寇聚众数万攻破冯家等堡二十余处，杀人不计其数，捕官率领乡兵俱被杀伤，势甚紧急，恐该县被陷……”
面对各地风起云涌的反清运动，清朝委派的官员束手无策，七月间巡抚方大猷在启本中说：“今则无百姓、无官、无兵，而总因无饷。虽奉令旨准免三分之一，部臣王鳌永复推广德意请免新、练二饷。臣又除去荒地，止就成熟者姑征一分。然究竟民无以应也。久已抛弃农业，渐有从贼巢中观望来归，而一旦闻有开征之示，掉臂而返，有以相率从贼为得计者。此开征两字求之一百四州县中不过十数处耳。”方大猷的启本说明了山东百姓留恋大顺政权的免征赋税，才以永昌年号为旗帜奋起抗清，这和当地明朝官绅的动向正好相反。它还清楚地反映了清廷虽然在名义上接管了山东，统治力量却非常单薄。
这年九月二十九日发生了青州之变。事情的经过是，原属大顺政权的一支军队同主力失去了联络，在旗鼓赵应元和投降了大顺政权的明朝官员杨王休率领下来到青州。九月二十九日晨以入城拜会为名，乘机夺门而入。当时清廷委任的招抚山东、河南户、工二部侍郎王鳌永正在城内，赵应元派步兵上城头摆垛，自己带着骑兵直入王鳌永的部堂辕门。王鳌永以为赵应元是率部前来归降，突然看到兵将持刀露刃蜂拥而进，仓皇躲避到上房。后来听见人声鼎沸，“城内震地”，又翻过院墙藏到姓房的乡绅家中。赵应元下令搜捕，“扬言拿获部堂者赏金五十两，拿获部堂下官一员者赏银十两”。王鳌永被军士搜获，赵应元下令把他处斩。
赵应元的收复青州，并不是为了重建大顺地方政权。据文献记载，他自己声称：“我也不愿做皇帝，只是扶立明朝一人。”清山东巡抚方大猷的题本中说他以“拥立衡藩为号召计”，定于十月初八日“扶衡王坐殿”。这位衡王却是个脓包，他在七月间已在王鳌永招诱下向清廷献上降书，惟恐赵应元拥戴复明将召来杀身之祸，只知“涕哭，眼肿如桃”。赵应元为了增强抗清力量，“四门竖旗招兵：有马给银四两八钱，骡兵给银三两八钱，步兵一两八钱，外加一钱”。山东昌乐、寿光等县的抗清武装首领赵慎宽、秦尚行、郭把牌、翟五和尚都派人来青州会商合作事宜。
青州事件发生后，在省会济南的清山东巡抚方大猷惶惶不安，他手头只有兵马六百多人，防守省城还不够，只好请求清廷发“真满洲官兵一万，星夜南驰”。清廷得报知道事态严重，派梅勒章京和讬、李率泰领兵赶赴山东。十月初六日，和讬、李率泰部到达济南，初八日前往青州。早已降清的明青州守备李士元献计智取，他同清廷委任的青州道韩昭宣等官绅暗中勾结，进入青州城内充当说客。李士元对赵应元威胁利诱，劝他转投清方，由巡抚上疏清廷解释青州之变“只以总督虐民诛之，其余不戮一人，今复以全城归命天子，则通侯之赏可立至矣”。赵应元果然受骗，带了甲士数百名出城同清将和讬等会面，双方钻刀歃血对天起誓。当天晚上，赵应元在府城北门的瞻辰楼设筵，大张酒乐。清军按李士元等约定的计划，伏兵城外。席间炮声突发，李士元、韩昭宣和随从当场击杀赵应元、杨王休，赵军大乱。清军拥入城中，格杀招降余党，青州的反清事件遂告失败。
1644年夏季以后，河南的局势也很复杂。大顺政权原已遍设官员的这块中原地区，已经由于主力西撤而四分五裂。大顺军只控制着豫西等部分地区，其他地方一部分为死灰复燃的明朝官绅窃据，一部分被所谓“土寨豪杰”的地头蛇盘踞；清方也乘虚而入，攫取了河南省黄河以北的怀庆、彰德、卫辉三府。现简述如下：
五月间，明归德府知府桑开第得到大顺军战败放弃北京的消息，立即勾结原崇祯朝督师丁启睿的弟弟了启光（任明朝参将）发动叛乱，逮捕大顺政权归德府管河同知、商丘、柘城、鹿邑、宁陵、考城、夏邑县令，于六月间解送南京向弘光朝廷献俘邀赏。明河南援剿总兵许定国也纠集一批散兵游勇窃据睢州一带。原明朝兵部尚书张缙彦在北京投降了大顺，这时逃回新乡招集官绅、土寇，同许定国相勾结，与大顺政权为敌。
河南各地的土贼也乘势拥起，如刘洪起据汝宁，韩甲第据许州，李际遇据登封，李好据裕州，刘铉据襄城，“分辖各数百里，拥众各十余万”。这些人的来历一般是明末地方性的反叛武装，后来同当地乡绅勾结，蜕变成一种封建割据势力。其中刘洪起兵力较强，他接受明朝的招抚，1644年春、夏在河南发动叛乱，擒杀大顺政权委派的地方官员，被大顺政权绵侯袁宗第击败，率领残部逃入湖北，托庇于明将左良玉麾下。其他土贼由于实力有限，在崇祯末期往往在明朝廷和李自成农民军之间摇摆，哪方得势就倒向哪方。大顺军西撤后，他们当中不少人立即起来反叛，“愤张旗帜直书：‘杀贼报仇’四字”。仅韩甲第就“擒伪官十有余人”，颠覆了许州一带的大顺政权，但河南大顺军随即发起反击，在九月间将韩甲第剿杀。刘洪起也卷土重来，领兵直至永宁、杞县一带，与开封府推官陈潜夫一道为明朝收复“失地”，并在柳园（开封城北）击败大顺军陈德部（陈德乃陈永福之子，原为明将，后来又投降清朝）。弘光朝廷得报后，委任陈潜夫为巡按御史，刘洪起为总兵官。不久，又任命张缙彦为河南总督，越其杰为河南巡抚（越其杰是马士英的姻亲）。
清廷方面也在稳固对畿辅地区统治的同时，把势力扩展到河南北部。七月，任命杨方兴为河道总督，苏弘祖为分巡河北道，申朝纪为分守河北道（按：明、清的河北道管辖范围是河南省黄河以北的彰德府、卫辉府、怀庆府，同现在的河北省无关），罗绣锦为河南巡抚；八月又任命祖可法为河南卫辉总兵官，金玉和为河南怀庆副将（不久提升为怀庆总兵）。八、九月间，清廷委任的文官武将先后到任，基本上控制了河南省黄河以北地区。
可见，在1644年夏、秋，河南省成为明、清、顺三方争夺的焦点之一。这年九月十八日，清山东分巡东昌道李栖凤报告他探听到的河南情况是：“河南舞阳以东汝宁一带地方俱属总兵刘洪启（起）将官分据”，“河北（即指上述河南省黄河以北三府）一带地方俱属营头张天乙管，河南睢州一带地方俱属总兵许定国管。八月十二日定国率领兵马将归德府城池残破，蹂躏不堪。金陵口南至许州、舞阳、西平、遂平、临颍、郾城、扶沟、鄢陵、汝宁迤南等处地方俱属总兵刘洪启（起）管。流寇改禹州为均平府，襄县、南阳、襄阳、河南府（即洛阳府）以西流寇牛头目领兵一枝在各处镇守，以西俱流寇官，而郾城委知县二员，一属弘光，一属西寇。河南各处非兵即寇，各占一方，无处宁静。”李栖凤的描述大致反映了当时河南三方对峙的情势，清方虽然已经在黄河以北三府设官，但当地的“土贼”营头势力还很大，统治并不稳固。
上面扼要介绍了1644年夏秋山东、河南两省的情况，不难看出清廷自五月至十月主力没有南下，以多尔衮为首的领兵诸王都群集在北京（郑亲王济尔哈朗原留守沈阳，九月才护送顺治帝来京）休息，只派了固山额真叶臣等人统兵进入山西同大顺军作战。大顺军西撤后，山东、河南的大顺政权基本瓦解，随即出现归属问题。除了豫西仍在大顺政权控制下，其他一些农民起义色彩较浓的地方武装依然心向大顺以外，绝大多数地区的明朝官绅和土杰豪强在擒杀大顺政权委派的官员以后，是以复明为旗号的。弘光政权由于“定策”引发的纷争以及武将以“拥立”之功蒙受上赏，于是文恬武嬉，坐失良机，主力部队如镇守武昌的左良玉部和建藩开府于南直隶境内的江北四镇都按兵不动。督师大学士史可法虽然在口头上也谈要恢复鲁、豫，乃至燕京，然而形格势禁，一筹莫展。李清记：“初四镇垂涎扬郡，可法不得已，许有警时各安顿家眷，谓彼此有分，可免独踞。且谓之有警，则无警不得驻耳。然以调停故，坐羁北伐，识者恨之。”
