爱华网棋鬼王听说江流儿的事情后，决心去凌云寺找江流儿下一局棋，小和尚们看到棋鬼王的来者不善，就说江流儿不在，棋鬼王就在佛堂上留下一局棋的棋谱后就走了。
江流儿从圆德大师听说老棋鬼王的事情后，决定到京城去会一会这个少年棋鬼王。借助在了天轩棋馆。
刚刚继位的年轻皇上有了新的围棋老师。他竟然是雷宰相的亲外甥雷凌云。雷凌云的谄媚让年轻的皇上自以为棋艺已经相当高超，决心和当今的围棋国手。皇上在与“神算子”郭逢春的过招中，郭逢春怕请了皇上会引起杀身之祸，再加上雷凌云的威胁，故意输给了皇上。兴奋的皇上又当众与当今棋圣方胜下棋，方胜为维护自己棋圣的尊严，不愿输给皇上。皇上当众出丑，恼羞成怒，将方胜关入大牢，择日处死。方胜希望自己临死前，能与江流儿下一局棋，可是作为皇上国师的雷凌云拒绝了方胜的请求，但让他和另外一个棋手下最后一局棋，这个棋手就是棋鬼王。江流儿当记谱员。
方胜在与棋鬼王的对决中以半子获胜。就在方胜即将被处死的时候，福王捧着皇上的圣旨，命令立刻释放方胜。方胜得以获救。雷凌云也不再是皇上的国师。
雷凌云找到了在岩洞内隐居的毒蜈蚣老道士，曾毒蜈蚣以金银财宝，索要能提高下棋时运算能力的“神脑丹”。毒蜈蚣答应了雷凌云的请求，告诉他二十天后来取。
方胜病危，不久于世，希望临终前能与江流儿下一生中最后一副棋，受到拒绝，在方百花恳求下，江流儿顶着压力，与方胜下了这一副棋，并赢了方胜，棋局结束后，方胜欣然而逝。但江流儿且被世人误解说他，是趁方胜危在旦夕旦夕还挑他下棋是故意要害死方胜，用卑鄙的手段夺得棋圣称号。由此，江流儿遭人唾弃，并被赶出了天轩棋馆。
棋圣争夺赛的报名开始，棋鬼王报名参赛，已身为棋圣的江流儿放弃直接参加决赛的资格，亦报名参加比赛。
在日本，新任围棋“名人”藤泽决心组成围棋三人组，前往中国向中国围棋再次发出挑战。藤泽邀请黑木加入三人组，黑木不想违背与江流儿“十年后再次对决”的约定婉言谢绝，藤泽只好让黑木以“围棋顾问”的身份随三人组前往中国。
雷凌云从毒蜈蚣手里拿到了神脑丹，毒蜈蚣告诉雷凌云，服用“神脑丹”虽然可以提高围棋运算速度，但会带来头部的剧痛，服用过多甚至会死亡。毒蜈蚣给了雷凌云仅仅一枚解药。雷凌云闹到神脑丹及其解药后，趁其不被，杀死了毒蜈蚣，拿走了赠给毒蜈蚣的财宝。
棋圣争夺赛的半决赛中，雷凌云对抗武云飞，两人棋艺相当，难分高下。情急之下，雷凌云服用了一粒“神脑丹”，棋艺大涨，最终战胜了武云飞，但比赛后头部发痛，很长时间后才渐渐缓解。在第二场江流儿与棋鬼王的半决赛开始前，雷凌云给了棋鬼王两颗“神脑丹”，告诉他，可以帮助战胜江流儿。服用两颗“神脑丹”的棋鬼王战胜了江流儿，头部疼痛难忍，无力下棋，在决赛中输给了雷凌云。雷凌云获得了棋圣称号。江流儿悄悄地从天轩棋馆待走昏迷的棋鬼王回凌云寺，请圆德大师治疗其头痛。圆德说他只能在棋鬼王头痛得厉害是减轻他的痛苦，却不能彻底根治这种怪病。
日本棋手藤泽、山歧，女棋手中川百合组成的日本围棋三人组乘船准备去中国，藤泽告诉山歧，他的棋艺无法与中国棋手相比，山歧必须消失，才能让黑木不得不参加围棋三人组，才能与中国棋手抗衡，山歧会意，跳海自尽。黑木只当是山歧失足才跌入海中，无奈地加入了三人组。
日本围棋三人组向中国棋手挑战，中国围棋界准备派出新任棋圣雷凌云、江流儿以及棋鬼王参赛。然而后二者不知所踪，于是只好派北武棋院的武云飞和东郭棋院的潘国兴代替二人应战。对决中，武云飞输给了藤泽，潘国兴险胜了小百合，雷凌云与黑木的对决成了中日对局的胜负关键。雷凌云为了维护大明棋圣的尊严，不顾花面郎等人的劝阻，对局中连吃了数粒“神脑丹”随在局面上占有绝对优势，却引发的脑部的剧痛。最终因为疼痛难忍，下了一步昏招，使得黑木侥幸获胜。日本围棋三人组获得了最终的胜利。
头部剧痛的雷凌云不肯服用解药，把唯一的一枚解药经方百花之手交给了棋鬼王，自己在痛嚎中死去。棋鬼王、江流儿和方百花组成中国围棋的新三人组再次与日本围棋三人组发出挑战……
