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第一章 雪域冰川 辗转天山访尊者
金顶圣地 磬鼓梵宫悉因缘
来到莱亨镇听赵卫谈论各派势力，得知摆渡门耳目聪灵，或许会知道燕真的下落，但要找到摆渡门令牌才能见到门主。与村里的妇女谈话得知镇上的王兴泰曾是摆渡门弟子，这时到小镇右边找王兴泰，得知他心爱的配饰三青印丢失不见，到镇左胡同里在手推车上找到它，回来还给王兴泰后打听令牌的下落，王夫人说令牌被女儿到冷霜湖畔玩耍时遗失了。于是来到镇北冷霜湖，看到一群孩童在欺负阿茫，帮他解围后得知他日前曾拾到过一块令牌。在回家途中遇到一群恶汉，口出恶言污蔑如来神掌祖师，龙九州将他们教训了一顿，然后到阿茫家顺利拿到令牌。
支线任务1：灵罡不灭、八部神威
开启时间：龙九州下无情崖
关闭时间：湖宫决战
开启条件：龙九州在队上
在莱亨镇的右侧遇到章州，用100两可买到神州六器的八部神威蓝图，然后到镇左民居找到常胜，将手上的蓝图给他看过，再替他找章州陪他下棋，可得灵罡不灭蓝图。
出了莱亨镇往东野找到摆渡门，门主盛渡说燕真目前在西方，然后交给九龙州一封手书，让他去敦煌石窟找天地人杰打听一下，或许可知燕真的详细情况。在龙九州准备离开的时候，摆渡门众收到天绝的传讯，约龙九州往天绝洞会晤。于是往西来到天关，在晴空石洞与少主天威切磋一下功夫，再往天绝洞找天绝谈话，得知他即将兵解（类似于佛教的坐化和涅磐），时日无多，将儿子天威拜托给九州照顾。由于他母亲琴痴死于排教老教主心如止水的手上，希望龙九州能规劝天威，在他兵解后万勿找心如止水报仇。天绝兵解后，天威加入队伍一起闯荡江湖。在西域的敦煌石窟见到天地人杰，回答他的问题后，天地人杰提出要切磋武功，根据选择和表现剧情有所不同——选择战斗的话，打赢可得到神磁剑，不用交出手书便可得知燕真在天山，打输的话则需交出手书才可得知燕真在天山。若选择交出手书，则可立刻得知燕真在天山。
天地人杰不仅说出燕真在天山，还说燕真已成为天族的天道尊者，如今他已卷入千年大劫的佛斗之中，龙九州也无法独善其身。离开敦煌石窟往天山行去，在关外峡道遇到血僧和血教徒众在追杀一名喇嘛，将他们击退后发现喇嘛已经气绝，在尸体上找到一封达赖喇嘛的手书，约龙九州往布达拉宫见面。在西境的西南方找到布达拉宫，见到达赖后得知诸人的前世因缘和后世宿命，说如今血佛金身崩解，千年前已成定局的佛斗即将开始。这时天道明王尊菩萨的法相碎裂，要两人即刻赶往天山，预言龙九州在路上会遇到开启宿命之人，于是两人拜别达赖来到哈尔努山南麓，在这里遇到饮血和尚率众追杀雪族尊者阿古和妻子贝娜。打败饮血和尚后，奄奄一息的阿古称龙九州为如来使者，并证实天族的天道尊者正是燕真。阿古死后，伤心的贝娜不忍离去，拜托龙九州前往通知各族尊者，一起到雪邸商讨对付血佛之法。之后龙九州要前往除血族和天族之外的五族寻访尊者，顺序不分先后。
由九回龙弯进入龙城，不定尊者因闭关修行被封在石室里出不来，这时会玩到一个“神龙锁关”的小游戏，规则是直的只能上下移动，横的只能左右移动，将所有的方块移到红框中才算过关。这个游戏的要点是打开通路，将1号方块移到红框里，具体解法为：12（黄）左移3格、7和5上移2格、15左移1格、14上移2格、11右移1格、10下移2格、12（红）下移1格、3右移2格、2上移1格、9右移4格、4下移3格、2下移1格、3左移4格、2和14下移一格、1右移1格、2上移2格、13左移1格、9左移1格、12（红）上移2格、9右移1格、2下移1格、3右移2格、5和7下移2格，完成。
在玄武地磐遇到大肆屠杀的血藏王，打跑他进入地宫遇到受伤的地族之主，得知地族尊者已与圣女雅丽丝成亲，在遭受血族入侵后两人逃走下落不明。穿过天山墓地来到天族的转世天岩，在这里遇到义弟燕真，交谈后燕真加入队伍。由灵海神漠来到神族的神堡，得知八叶尊者在练功时不慎走火入魔，八叶被打败后恢复了神智，将雪邸聚会的事通知他。
穿过小天山会遇到神族出走的喀丝加和王兴泰之子王刚，两人吵闹着离开。往前经过焚游火窟进入神族的火殿，得知伏虎尊者被血影魔僧的换血指所伤，要治疗毒伤须有圣药佛王树心才行，据说医药大派元阳帮曾有珍藏。天威提起天关有石乳化育的灵药万载晴空，药效与佛王树心不相上下，在这里会有剧情分支，不论选择谁去都可以直接到血山打血影魔僧拿魔血，魔血可用来给尊者疗伤，也可留着待以后的任务使用。
主线分支1：由龙九州出马。
来到中原元阳帮向帮主尹拂阴打听佛王树心的下落，得知帮内藏有此物，不过得用金蛇胆交换。金蛇胆产于东野的宁海坪，那里最近有一只金背银甲龙出没。来到宁海坪与捕蛇老人古老头谈话，得知徐老伯的儿子徐贵刚抓了一条金蛇。这时徐老伯赶到，说有只金背银甲龙窜往东南的洞穴之中，在这里又有剧情分支，在拿到金蛇胆后，回元阳帮换到佛王树心，再到火族给伏虎尊者疗伤。
分支1：往东南洞穴追捕金背银甲龙。出树林往东南方找到紫龙密穴，会看到一只怪龙往深处逃去，穿过龙肠径迷宫到紫龙穴心，在里面打败金背银甲龙得到金龙夺和金龙背脊，回到宁海坪与古老头说话，打败随机出现的金蛇得金蛇胆。
分支2：往西方到排教找徐贵。与古老头谈话后，由树林的西方路口离开，在排教山道遇到卖蛇胆的徐贵，这时有3个选择：“这个价格值得，不用考虑了，交易吧！”结果是花6500两买下蛇胆，回宁海坪古老头丧命，往紫龙密穴去打金背银甲龙，得蟒鳞甲；“身上银两不够，下回吧！”结果是回宁海坪古老头身处危险之中，往紫龙密穴救出古老头，回树林打到蛇胆，得搜邪坠；“这个价格太贵，兄台别费口舌了！”结果是徐贵将金蛇胆交给徐老伯，金背银甲龙将徐老伯吞入腹中，追到紫龙密穴打金背银甲龙，回树林打蛇胆，得莽皮腕套。
主线分支2：由天威与燕真执行。
天威和燕真回到东野天关，在晴空石洞见万载晴空已化育完成，采取后回到天山火族给伏虎尊者疗伤。
寻访五族尊者的任务完成后，两人再到哈尔努山的南麓见雪族之主阿古的遗孀贝娜，然后一起动身前往雪族的雪邸，和其他部族尊者商议抵抗血教之事。由于雪族尊者阿古已死，地族圣女雅丽丝与其夫婿下落不明，如今在只有4位尊者的情况下对付血佛难有胜算，于是龙九州决定闭关修炼神掌，天威和4位尊者则前往转世天岩参悟修行，希望能找到对付血佛的方法。数日后，天威和尊者无功而返，在回到雪邸时收到地族的求援，燕真和天威动身赶往地族，其他尊者则留下为龙九州守关。来到地族杀退血教徒，从地族之主口中得知，地族尊者竟然就是荆雷，视龙九州为仇敌的他是很难与诸族合作的。见六族尊者抵抗血佛的计划无望，龙九州的如来神掌成为扭转局面的唯一希望，因此燕真提议直接攻入血山牵制敌人，为龙九州参悟绝学赢得时间。
走过一里桥在血池找到降世的血佛，众人围攻过去却难伤血佛分毫。这时血佛足踏血莲攻将过来，围斗中众人落败，血佛趁机施展梵音魔咒欲控制众人意志，天威惊觉以无相心诀对抗梵音魔咒，而燕真与诸位尊者则落入魔咒之中无法自拔，天威见状只好回雪邸找龙九州救助。龙九州闻讯连忙和贝娜一起赶到血山，在一里道遇到爱慕贝娜的血喇嘛，贝娜对他的表白断然拒绝，血喇嘛恼羞成怒向龙九州挑战。取胜一场后血影魔僧出现并帮血喇嘛攻上来，战斗中龙九州被换血指毒伤，血喇嘛向贝娜索求一吻，然后反戈相击杀掉血影魔僧取得毒血。替龙九州解毒后，贝娜遵守承诺上前献上一吻，心满意足的血喇嘛血毒发作炸成一篷血雨。
第二章 血光杀意 佛斗日生死一线
恨海情天 郢苍山恩怨两消
来到血山挑战血佛，取胜一场后血佛用梵音魔咒控制三尊者攻过来，将之制服后大日如来召龙九州往极乐世界，说血佛是他成道时残存的杀性化成，意思是让他手下留情。这时血佛朝龙九州发出致命一击，达赖出现替龙九州挡下一掌身亡，天威和贝娜趁隙将3位尊者救出，然后一起追赶血佛。将血藏王、迷血僧、 饮血和尚三大血使击败后，血佛已凝聚真身并向龙九州挑战。
在血佛的猛烈攻击中，贝娜为了救龙九州献身而死，她的灵魂化成的观音法像以慈悲之心困住血佛，这时地族圣女雅丽丝出现，催促龙九州赶快行使超渡大法，这时会有两个选项，如果选择超渡，则雅丽丝会死亡，作为圣女之夫的荆雷始终不肯原谅龙九州；如果选择杀掉血佛则会违背如来的意愿，收回一式神掌绝学，圣女不会死，之后荆雷会被劝化。
主线分支1：行超渡大法。
六族尊者摆起法阵渡化血佛，圣女雅丽丝由于功力传给荆雷，耗尽真元死亡。众人将她与阿古夫妇葬在一起。这时荆雷在墓地现身，新仇旧恨使他怒火更炽，不由分说便朝龙九州攻来。打败他后，荆雷和龙九州约战于郢苍山舍身台。
主线分支2：以战灭杀血佛。
龙九州决定灭杀血佛后再次见到如来，被收去一式神掌作为责罚。接下来的战斗由龙九州单挑血佛，胜后得青晶战甲。众人将阿古夫妇葬于天山墓地，这时荆雷出现寻仇，雅丽丝极力劝阻也不能消解他的怒火恨意，约龙九州在郢苍山舍身台决斗，如不应战便会血洗武林。为了舍身台的决斗，龙九州决定到天关天绝洞闭关修炼神掌，在此之前可到各地完成一些支线任务。
支线任务2：渡门宝鉴
开启时间：伏虎尊者康复后
关闭时间：出小天河后
开启条件：龙九州在队上
来到东野的摆渡门遇到不明人士下战帖，和门主盛渡一起来到半里坪应战，在这里遇到同样被挑战的印甲堂司天甲、元阳帮尹拂阴、神武会武殇，等候多时却不见挑战之人，这时得知摆渡门总舵遭袭，回到摆渡门发现渡门宝鉴被盗。从一门徒口中得知盗贼约定往宁海坪会合，赶到宁海坪时却不见人影，天地人杰让龙九州往印甲堂寻找线索。到印甲堂找司天甲谈话，得知湘原一带有盗贼出没的迹象。赶到湘原遇到前来调查的天地人杰，根据他提供的线索赶往西域楼兰，打败一伙盗贼拿回宝鉴，回到摆渡门得到盛渡的馈赠，赠品会因主角完成的时间而不同——战血佛后，进天关之前，得黄雷煞；迎远楼会合天威、燕真之前，得赤炼罡；在大草原与十八魔道战前，得银蛟断；出小天河后，得靛影残。这4样东西均为网络组队任务所使用的关键道具，由4名玩家分别得到一样，在游戏后期龙九州与萨柔谈话可接舍身台寻人的任务，取得哪一样物品不影响单机任务的完成。
支线任务3：龙形舞天蓝图
开启时间：打血佛后
关闭时间：下湖宫前
在九回龙弯遇到龙族少年阿格达，他拜托龙九州将一只龙心转送给心爱的天族少女。来到转世天岩将龙心交给玛拉儿，再回到九回龙弯找少年复命，得到龙形舞天蓝图。
支线任务4：紫獠兽
开启时间：打血佛后
关闭时间：进入天关
开启条件：在小天山见过喀丝加
来到神堡得知喀丝加离家出走，龙九州答应将她找回。来到关外峡道遇到喀丝加和王刚在斗嘴，两人为了比较胆量一起进入迷雾林，龙九州赶紧跟了过去。在林中遇到落单的喀丝加，正说话间闻听密林深处传来王刚的尖叫声，于是留下燕真和天威陪伴喀丝加，龙九州只身往迷雾林深处摸去。绕到树林西方找到王刚，他说不远处有鬼魂出没，帮他调查一下宝箱消除他的恐惧，两人一起往喀丝加处会合。在原地却不见了喀丝加等人的身影，正诧异间身后出现一只怪兽，一掠便不见踪影。寻到树林西北角空地终于找到三人，天威与燕真正为喀丝加疗伤，得知他们受到了怪兽的攻击。留下王刚守护，其余人沿怪物逃逸方向来到紫藤巢，在这里打败紫獠兽获得紫兽獠牙。在一具骸骨手中拿到宝剑紫獠破，然后说服喀丝加在王刚的陪护下返回天山。在圣府事件之后，前往莱亨镇拜访王夫人可得三青印。
支线任务5：真假龙九州之一
开启时间：打血佛后
关闭时间：湖宫对决
开启条件：龙九州、燕真在队上
在小天山遇到凌夫人，她指认龙九州拐走她的女儿，燕真向她解释之后，龙九州感到此事有些蹊跷。来到西境驿站遇见秦老和儿媳陆香霏，秦老指认龙九州拐走其孙睦元，更令龙九州感到奇怪。再到松阳村，村民张滔又说龙九州拐走他的女儿琴儿。来到莱亨镇找柳妇谈话，得知她的女儿涓儿也失踪不见了，龙九州觉得一连串的事件针对自己而来，想必是有人栽赃陷害，决定将此事调查清楚。
支线任务6：铸典遗篇
开启时间：打血佛后
关闭时间：下湖宫或排教之邀事件
开启条件：龙九州、燕真和天威在队上
三人来到莱亨镇神武分舵，听廖发说神武会视为至宝的铸典遗篇在石林出世。来到石林，在尽头的山洞里发现一只巨大的雪蛛尸体，上面插着一把剑，由于上面染上蛛毒，众人用布将之包裹起来收好。再往无我河调查，在河边发现一具尸体（项梁）。过桥后来到破庙，遇到神武会弟子飞泉和孟彦在争夺从石林得来的铸典遗篇，河边的项梁也正是他们下的毒手，这时一名少女项灵出现扒走了遗篇。然后来到小天山看到孟彦正要抢夺项灵手上的铸典遗篇，龙九州等人上前将之打败，得知河边的死者正是项灵的兄长，为了报答救命之恩，项灵将遗篇赠给龙九州。龙九州携遗篇往神武会见掌门人武殇，武殇为叛徒孟彦等人的恶行感到羞耻，将铸典遗篇赠给了龙九州。获得铸典后可开启任务栏里的宝物搜集册，可以看到各种道具的详细图说。
支线任务7：宵练剑
开启时间：打血佛后
关闭时间：下湖宫或排教之邀事件
开启条件：获得染毒的宵练剑
来到元阳帮和帮主尹拂阴谈话，得知剑上所沾染的雪蛛之毒要用万年参精才能除去。万年参精可在七重天打武将得到，在神堡的楼梯处也能找到。将万年参精交给尹拂阴即可获得一把宵练剑。
支线任务8：战帅转生之一
开启时间：打血佛后
关闭时间：下湖宫后
开启条件：龙九州、燕真和天威在队上
在东野的战神滩遇到上古战族之王战帅，战帅希望三人能帮其转生，为此必须要找到两件关键道具——青魂绝和青魂绝魄。于是一行人来到天关天绝洞，龙九州为赴舍身台之约，决定在洞内参悟如来神掌，燕真和天威在洞外护法，这时会玩到一个“神掌新境”的小游戏，共有3个顿悟关卡，玩家要记住中央黑幕播放的招式顺序，然后在下方的格子里排列出来，具体解法如下：
天佛引路：3、6、7、2、1、4、10、9、5、8
普渡众生：8、2、6、7、3、9、1、5、4、10
立地成佛：5、10、1、4、9、8、6、2、3、7
此小游戏若能成功通过，龙九州将可获得任一式如来神掌加一级与内功加两级的奖励。
龙九州出关后，三人赶到郢苍山舍身台去见荆雷，龙九州虽百般解释仍消解不了荆雷的仇恨，执意与龙九州一战。取胜两场后圣府的司太虚和北斗出现，将荆南天的尸棺带到，说明荆南天是被奸臣魏忠的墨玉神功所杀，荆雷在忿怨中五蕴俱灭沦入魔道，打败他后龙九州为其重开五蕴化消戾气，最后荆雷决定和雅丽丝一起返回天山参佛修道。如当初选择超渡血佛，则荆雷会坠崖而死。龙九州大战之后又消耗真元过渡，最后倒在地上陷入昏迷。
