爱华网解读一：多个平行时空
这种解读的理论是：男主角的意识在A时空被代码化，并被人为的派遣到过去，每次被派遣即产生一个平行时空，直到Z时空。
A时空里发生了这些事：男主角在阿富汗遇袭身亡，仅剩残躯和可以维持8分钟的脑电波，被博士用作实验工具，其父接受采访表达父子关系存在罅隙，火车爆炸，芝加哥被核弹袭击，死亡200万人。
C时空里发生了这些事：即男主角第C次回到火车上，然后在站台上与疑似罪犯搏斗，最后被飞驰而来的火车撞死，结果是火车爆炸，城市被核爆，但女主角得以幸存
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N时空里发生了这些事：男主角第N次回到火车上，男主角发现真凶，拆弹不彻底，最后在停车场被真凶击毙，女主角也挂了，结果是火车爆炸，城市被核爆。但男主角被召回A时空后，通报了真凶的姓名和车牌号，结果在A时空里，火车爆炸后凶犯即被捉，核爆被及时制止。美女接线员动了恻隐之心，关闭了男主角的生命维持系统，男主角在A时空里的残躯挂掉，美女接线员面临军事法庭审判。
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Z时空里发生了这些事：男主角第Z次回到火车上，大获成功，制止了罪犯，火车安全，城市也安全，男主角以肖恩的身份与其父通话，男主角与女主角长吻，从此以肖恩的身份存活在Z时空里。在影片的最后，男主角的残躯并没有挂掉（在实验室里躺着呢），美女接线员收到了男主角发来的短信，新闻里在报道一起未遂的火车爆炸案，博士抱怨自己的研究得不到重视。
这种简单的理论能够解释部分剧情，但有明显的破绽。最大的破绽有三个：
1、男主角是如何实现穿越的？难道博士发明了某种先进的“源代码时光穿梭机”可以让男主角的意识代码能回到几小时以前？
2、 男主角是如何侵占肖恩的意识的？难道肖恩是一条可以随便修改的程序？
3、 男主角在B—Z时空里的作为是如何影响到A时空的，难道平行时空之间可以相互干涉？
解读二：两个时空最终二合一
这种解读的理论是：影片开始时有两个时空存在，即现实时空和源代码时空。影片结束时两个时空二合一，产生了一个全新的时空。
现实时空里发生了这些事：男主角在阿富汗遇袭身亡，仅剩残躯和可以维持8分钟的脑电波，被博士用作实验工具，其父接受采访表达父子关系存在罅隙。火车爆炸，芝加哥被核弹袭击，死亡200万人。于是男主角被无数次派回到火车上，直到发现真凶，但拆弹不彻底，最后在停车场被真凶击毙，女主角也挂了，男主角被召回后，通报了真凶的姓名和车牌号，结果在现实时空里，火车爆炸后凶犯被捉，核爆被及时制止。在男主角的恳求下，美女接线员动了恻隐之心，关闭了男主角的生命维持系统，男主角在现实时空里的残躯挂掉，美女接线员本来要被军事法庭审判，但是随着两个时空二合一产生了新的时空，最后的结果发生了惊天逆转。
源代码的时空里则发生了这些事：男主角在最后一次穿越后大获成功，制止了罪犯，火车安全，城市也安全，男主角以肖恩的身份与其父通话，男主角与女主角长吻（时间在此超过了8分钟，意味着男主角在现实时空里的残躯挂掉，男主角可以永久的停留在源代码时空里不被召回，从此以肖恩的身份存活在源代码时空里）。
但在影片的最后，我们惊奇的发现男主角的残躯没有挂掉（在实验室里躺着呢），美女接线员居然收到了男主角从源代码时空发来的短信，新闻里在说报道一起未遂的火车爆炸案，博士在抱怨自己的研究得不到重视。影片最后一段实际上是在描述现实时空与源代码时空合并后产生的结果。
这种解读比较靠谱，但有三个最基本的假设必须成立：
1、 博士真的发明了某种机器能把男主角的意识代码传输到过去。
2、 博士真的可以让男主角的意识代码侵占肖恩老师的意识，利用他的肉身去执行任务。
3、源代码时空是可以被无数次修改且不会自动保留副本的，男主角每次被派遣到源代码时空都是在修改程序，但是最后“砰”的一声，这个修改完毕的程序竟然取代了原文件，（我们在用WORD的时候经常发生这种事）。
解读三：MATRIX
大家都知道《黑客帝国》的理论是人类在未来被机器人战败，机器人研发了庞大的MATRIX系统来管理虚拟世界，而人类被用来作为维持机器运转所需的生物电池，只有一小部分清醒的幸存人类转入地下斗争。而救世主NEO和探员SMITH都是程序，以代码的方式在MATRIX里决斗，直到NEO战胜了病毒SMITH，解救了MATRIX，换来了机器人的休战，最后那一小撮清醒的人类继续得以幸存。
假设MATRIX存在，则就可以解释整部《源代码》了——所有平行时空其实都是MATRIX系统在不停的修改同一个文件，所有的剧中人物、场景都是虚拟的代码构成的。男主角每次被派遣到火车上都类似于一次程序的自我修正，其实这更像是某种实验——即MATRIX通过博士和美女接线员这两个程序来让男主角这个残破的程序代码回到几个小时以前去完成某种修正——这更像是一种极限测试。
这才是最完美的解释。
