爱华网1906年，才成立不久的同盟会在东京开会，讨论革命方略。当论及未来中华民国国旗样式时，什么铁血十八星旗、五色旗、井字旗、金瓜钺斧旗等等众多方案、莫衷一是。
孙中山主张以青天白日二色旗，再加上红色底的青天白日满地红旗，作为国旗。根据后来的解释，旗上青、白、红三色分别象征自由、平等、博爱的精神，同时也代表中华民国以三民主义立国的初衷。虽然在这次会议上对国旗样式并未最终通过决议，但是孙中山在此后所领导的潮州黄冈、惠州七女湖、黄花冈等历次起义中，都无一例外地采用了青天白日满地红旗。
1911年，辛亥革命功成，国旗之争再起。民国初建，各省都督府代表联合会代行参议院职权时，议决《国旗统一案》，定五色旗为国旗。临时大总统孙中山复议参议院，表示反对五色旗：“清国旧例，海军以五色旗为一二品大官之旗，今黜满清之国旗而用其官旗，未免失体；其用意为五大民旗，然其分配代色，取义不确，如以黄代满之类；既言五族平等，而上下排列，仍有阶级。”
他进而指出：“夫国旗之颁用，所重有三：一旗之历史，二旗之取义，三旗之美观也.....天日之旗，则为汉族共和党人用之南方起义者十余年......南洋美洲各埠华侨同情于共和者，亦已多年升用，外人总认为民国之旗.....青天白日，取象宏美，中国为远东大国，日出东方为恒星之最者，且青天白日，示光明正照自由平等之义，着于赤帜，亦为三色。”最后，他说“究之革命用兵之际，国旗统一，尚非所急”，因而建议《国旗统一案》“暂勿颁定施行，而俟诸民选国会成立之后”。
孙中山的反对理由，着实是有些牵强。首先五色旗与满清海军“一、二品大官之旗”虽然相似，可也有不小的差异。清海军统领所用旗帜，色彩排列自上而下为黄、白、黑、绿、红，并在上角钉单锚，而民国的五色旗却是红、黄、蓝、白、黑五色自上而下排列。他接着说以五色代表五族无理可寻，其实也不那么理直气壮。中东欧国家国旗多是不同样式的红、白、蓝三色旗，因为那是斯拉夫民族的代表颜色，那又来得什么具体依据呢？说五族平等，就不该有上下排列，那么法国国旗上蓝、白、红的三色不仅有先后，甚至还有宽窄之分，那么是不是它们分别代表的自由、平等、博爱，还要分个高低贵贱？
孙中山说的不错，国旗应当讲究历史、取义、美观，可他反对五色旗，难道是因为五色旗没有历史？在前面提到的同盟会1906年会议上，宋教仁、陈其美就已经在主张五色旗了。而到辛亥革命，江浙地区脱离清政府的时候，用的也正恰恰是这面旗帜。
那么五色旗缺少象征意义？1911年12月4日，孙中山还滞留国外的时候，在上海召开的共和联合会大会上，即商定以五色旗为中华民国国旗，因其“既可表明革命行为系为政治改造而起，非专为种族革命；又能缓和满、蒙、回、藏各族的心理，与汉人共同努力赞助共和”。在当时的情境下，对于维护全国统一，较为平和的五色旗显然要比象征革命的青天白日满地红旗更具优势。
至于美观与否，一个人有一个人的看法，很难一概而论。或许孙中山真真确确地认为五色旗不够美观，可青天白日旗又如何呢？至少，黄兴就曾明确表示，该旗“形式不美，且与日本旭旗（即日军军旗）相近”（冯自由《革命逸史》）。孙中山自己其实也明白青天白日旗远非完美，不然他也不必费尽心力地去修改旗帜，“且增加红色于上”，发明出青天白日满地红旗了。大多数人会觉得青天白日满地红旗美观？恐怕也不尽然。而更有说服力的则是，当时全国各界多已视五色旗为国旗，纷纷采用。
依照《临时政府组织大纲》第十四条规定，“临时大总统对于参议院决议事件，如不以为然，得于具报后十日内声明理由，交令复议；参议院对于复议事件如有到会参议员三分之二以上同意仍执前议时，应仍照前条办理”。因此孙中山在否决《国旗统一案》后，法案重回代理参议院（各省都督府代表联合会）表决，但未能获得2/3多数同意。《国旗统一案》被暂时搁置。
1912年4月，袁世凯就任临时大总统，临时参议院随之迁往北京。当五色旗作为国旗方案再次交付表决时，全体参议员起立，三呼万岁，通过决议。同年6月，袁世凯发布临时大总统令，《国旗统一案》颁布施行。由此，五色旗正式成为中华民国国旗（青天白日满地红旗作为海军军旗）。此后孙中山声讨袁世凯帝制自为也好，指责段祺瑞毁弃约法也罢，可无论如何，他不能否认北京临时参议院的合法性、也没有理由去否定其通过法案的正当性。
然而事实却是，1914年“二次革命”失败后，孙中山流亡日本，组建中华革命党，正式规定青天白日满地红旗为中华民国国旗。再往后，孙中山不管是在1917年任非常大总统，还是1922年做陆海军大元帅，“国旗”用的都是青天白日满地红旗。
为什么孙中山要一而再，再而三的主张以青天白日旗为国旗？他的青天白日情结究竟因何而生？除去他向代理参议院罗列的诸多理由外，恐怕还有不足为外人道的深层考虑。说穿了，也就是希望以青天白日旗确立自己和同盟会在新中国的独特地位。1911年武昌首义的意外成功，促成了中华民国的诞生。可那时孙中山在美国、黄兴在香港，发动起义的共进会和文学社，至多只能算作同盟会的分支。一部《辛亥武昌首义史》几乎找不到孙中山和同盟会的名字。
同时，孙中山创立的三民主义和五权学说，在新的共和中国也毫无体现。那么如何才能加强孙中山和同盟会在创建共和政府中的影响呢？我想，使青天白日旗成为国旗，恰是一个不错的主意。
对孙中山后半生革命行动的评价，在今天学界颇有争议，不是三言两语能说清的事，但我们在此只看他一个废弃五色旗行为，就已然是在背叛民国法治了。不错，袁世凯、段祺瑞一干军阀践踏法律，可孙中山就真的对得起自己“手创”之共和吗？
不断的斗争失败，使孙中山的青天白日情结最终成了心结，至死也没能看到自己心目中的国旗飘扬四海。在他身后的1925年，广州国民政府建立，不久出师北伐，但凡攻克之处，都一律改悬青天白日满地红旗。1928年12月，张学良宣布东北易帜，从此青天白日满地红旗得以通行大陆。1946年底，制宪国民大会通过《中华民国宪法》，明文规定“中华民国国旗定为红地，左上角青天白日”。孙中山衷心的非法国旗至此总算真正取得了合法地位。
