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本片的故事发生在X战警三部曲之后，罗根因为亲手杀死了凤凰女而受到严重的心理创伤，有强烈的自毁欲望，并将自己放逐到荒野无人的山洞中过着野兽一般的生活。他时常会做噩梦，最常梦到的是穿着睡衣的凤凰女怂恿他跟自己一起去死。这天他梦到了长崎原子弹爆炸，不过这是个梦中梦，接下来又是穿着睡衣的凤凰女，然后他被吓醒了…… 金刚狼在人迹罕至的荒野生活，与鸟兽为伴。这天竟发现自己的熊朋友被偷猎者用毒药弄得半死不活，于是前去偷猎者聚集的酒吧寻仇。在这里他见到了红发日本女人雪绪。日本女人小露了一手剑术，就拉着罗根走了。雪绪也是变种人，她的超能力是能看到人的死期和死法，她预言那几个偷猎者几天之内会死于非命，所以劝罗根不必浪费力气杀他们。 雪绪之所以来找罗根，是受日本矢志田财团老当家之托。老头子二战时参加了皇军，与当时在军队服役的罗根本来是敌对的立场。但长崎原子弹爆炸时，罗根曾用身体掩护他使他免于被核爆冲击波当场轰杀，也因此让他见识到了罗根作为一个变种人的特殊体质。这些年来老头子一直都在关注罗根，并搜集了大量资料。如今他行将就木，特意派人请罗根到日本去希望能最后见见这个救命恩人。除此之外，看出罗根有自毁倾向的雪绪还提出，以矢志田家的资金和技术也许能满足他的心愿，让他像武士一样慷慨赴死。金刚狼本来没有兴趣，但也许是被雪绪说动了，又或者想到可以借此找回一些失去的记忆，所以答应只去呆一天道个别就走。 在日本见到了病床上虚弱的矢志田老人，他表达了对金刚狼的羡慕，并说希望可以与他交换。在这里其他几个重要人物也相继出场，首先是老人的儿子信玄，一个精于剑道的中年男人，不苟言笑，绝非善类；然后是老人的主治医师，一个神秘的金发女郎；最后是老人最亲近的孙女，也是信玄的女儿，真理子——对于初次见面的罗根她并没有留下什么好印象，反而嫌弃他太过邋遢。于是金刚狼被推给两个大妈从上到下好好清洁了一番。接下来，通过与雪绪的对话，了解了她的身世——她幼年即父母双亡流落街头，后来被老人收养作为真理子的玩伴养在家里。 当天晚上金刚狼又做了噩梦，他梦到金发的女医生喂给他什么奇怪的东西——这里有点像黑客帝国当中史密斯给尼奥身体植入电子虫窃听器，像是在做梦，但却是真实发生的。从噩梦中醒来的罗根听到噩耗传来，老人去世了，一旁的雪绪难过之余，却说了这样的话，”这跟我预测到的不一样“——这里是一个重要的伏笔。 老人去世前曾拜托金刚狼照顾自己的孙女，因为她将继承自己的全部财产，势必成为信玄等人的眼中钉。葬礼上，果然一帮黑道分子向真理子发难，幸得金刚狼保护。然而真理子虽然全身而退，罗根却发现自己身体发生了变化——受伤之后血流不止，原本的快速治愈能力竟然不起作用了。激战中，金刚狼得到一个弓箭手的帮助。 虽然真理子在金刚狼的保护下才没受到伤害，可她却并不领情，反而一心想甩掉金刚狼。之后二人在新干线上又相遇了，可穷追不舍的杀手们也尾随而至，于是金刚狼与他们从车里打到车顶，展开激烈周旋。在列车顶的一段戏算是本片比较精彩的桥段。 在一路躲避追杀的过程当中，两人先后经过了柏青哥店、lovehotel等比较有日本城市特色的地方。最后两人来到矢志田家位于长崎的老宅，在这里稍微安顿了下来。在这里，金刚狼知道了之前帮自己退敌的弓箭手原来是真理子的青梅竹马，可惜真理子的父亲信玄执意要把她嫁给某检察官以打通自己与政界的联系。 接下来金刚狼发现原来这个小镇就是当年的日本军营，也就是自己与真理子的祖父相识的地方。在两人相识的过程中，金刚狼常常会在梦中叫着凤凰女的名字，这引起了真理子的注意。不过即使知道金刚狼心中另有所爱，也不能阻止这个年轻姑娘被金刚狼迷人的身材吸引，两人很快就毫无征兆的一起滚了床单。 好景不长，滚完床单没多久真理子就被抓走了。丧失自愈能力的金刚狼没能追上，还被打伤了腿，幸得驱车赶到的雪绪相救。金刚狼表示无论什么龙潭虎穴都要闯进去救回真理子，遭到雪绪的反对，因为她预见到金刚狼的死——他死前会握着自己的心脏——这里是一个小的伏笔。 与真理子青梅竹马的弓箭手男子背地里竟与来历神秘的金发女医生合作，二人在进行着什么阴谋。弓箭手对女医生很害怕——因为后者是本片当中出现的为数不多的变种人之一，蝰蛇夫人，她的能力是释放致命的毒素。受蝰蛇夫人的命令，弓箭手也在积极的寻找真理子。 在对真理子的废柴未婚夫进行逼问之后，金刚狼得知是信玄为了逼真理子把继承权让给自己而绑架了她。于是金刚狼和雪绪杀到矢志田家的大宅，准备营救真理子，可惜来晚了一步，弓箭手带领的忍者部队已经把真理子从府中带到了蝰蛇夫人的秘密基地。前面一直一副大反派面孔的信玄得知自己只是一颗棋子，还没有来得及发飙就中了蝰蛇夫人的剧毒。 金刚狼与雪绪在府中遍寻不到真理子，然而在当时矢志田老人的病床前金刚狼却弄清楚了了自己异能失效的原因，通过X光片，他找到了蝰蛇夫人当时植入自己心脏的一只影响自己异能发挥作用的毒蜘蛛，于是他决定自己给自己动一个心脏手术。这时虽然中毒未死但是失去理智的信玄企图攻击金刚狼，幸亏有雪绪舍命保护。千钧一发之际，金刚狼醒了过来，而且自愈能力完全恢复，最终击毙死不悔改的信玄。 蝰蛇夫人给金刚狼留下了去往自己秘密基地的线索，虽然明知是陷阱，但金刚狼还是要去闯一闯。在路上金刚狼遭到弓箭手部队的埋伏，身中毒箭昏迷之后被蝰蛇夫人擒住。在其基地中金刚狼遭到了以艾德曼合金制成的武士造型的机甲的袭击。另一方面，雪绪也赶来帮忙，并与蝰蛇夫人展开激战，最终将其制服。而金刚狼则在良心发现的弓箭手拼死掩护下重创机甲，但自己的一对钢爪也被斩断，这时他才发现躲在机甲中的竟是其实未死的矢志田老人——他当年被金刚狼救了一命之后，并没有感恩图报，而是开始觊觎他的能力，处心积虑想要得到以使自己长生不老。在他从金刚狼狼爪断裂处不断吸取生命精华时，冷不防遭到大义灭亲的真理子的袭击，接着被重新长出骨爪的金刚狼彻底消灭。 故事的最后，真理子接手了矢志田家的产业，希望留住金刚狼，但他最终还是和雪绪一同乘飞机离开了日本。毕竟金刚狼是天煞孤星，已经克死了两任女友，而更重要的是作为一个战士他不想继续躲避，他预感到后面会有新的战役等待着自己。
