爱华网在人民解放军加紧解放沿海岛屿的同时，中央军委和第三野战军也在积极筹划台湾战役的计划，并开始从各方面着手进行准备。
中央军委最早开始筹划台湾战役，起自于1949年5月下旬上海战役结束之后。当时，中央军委责成华东野战军副司令员粟裕组织三野部队进行攻台准备，因华东许多地区还未解放，已占地区又需要分兵剿匪，所以只能抽出野战军主力第九兵团做攻台准备并兼任上海地区的警备。8月至10月间，解放军第七、第十兵团进行了扫清台湾外围屏障的浙东和福建沿海作战。虽然完成了解放沿海大陆的任务，并在攻岛作战中取得了一定胜利，却也在金门和登步岛小受挫折，这向中央军委和华东野战军领导显示了渡海攻台的艰巨性。中央军委根据金门和登步作战的经验教训，对台湾战役的计划进一步作了精心的筹划，各项准备工作也更为谨慎细致。
随着华东野战军首长对渡海作战艰巨性的认识不断提高，台湾战役的计划也一再被修改。1949年秋天制定的台湾战役计划是投入8个军的兵力，其中以第九兵团的4个军(第二十军、第二十三军、第二十六军、第二十七军)为第一梯队。1949年末华东野战军首长经研究决定增加投入战役的兵力，三野部队除担任剿匪和地方警备任务外，主力12个军全部参加攻台。中央军委马上同意了这一意见。这时，因为美国公开表现出和台湾国民党当局拉开距离的政策，所以一般估计攻台时美军不会介入。粟裕副司令员在《华东军区一九五○年政治工作指示》中曾解释说：“直接参战在政策上、军事上都是对美帝不利的，所以美帝只能间接参战，如动员日本的‘志愿兵’去帮助蒋匪。”基于这种估计，华东野战军在研究台湾战役的计划时，曾设想了同日本援蒋军人作战的可能性，并有信心消灭这些‘志愿兵’。根据当时的国际国内形势，中央军委认为应在尽可能短的时间完成台湾战役的准备，早日完成解放全中国的任务，以实现祖国统一。
为争取尽可能先在沿海岛屿歼灭国民党军主力，人民解放军在准备对舟山、海南岛和金门实施攻击时，都强调要集中优势兵力，确保登陆后能够有把握打歼灭战。经中央军委同意，在第四野战军攻击海南岛的同时，华东野战军决定调集第七、第九兵团共6个军(第二十军、第二十一军、第二十二军、第二十三军、第二十六军、第二十七军)共20万人发起舟山战役;并调第二十四军、第二十五军、第三十二军入闽，接替第10兵团(辖第二十八军、第二十九军、第三十一军)的剿匪及修筑道路、机场等任务，以腾出该兵团用以攻占金门。华东野战军还提出，准备将对舟山、金门的攻击作为攻台的实战演习。
