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南方医科大学图书馆前身第一军医大学图书馆成立于1951年，随校几经搬迁。现包括本部、赤岗和顺德三个馆区。
南方医科大学图书馆前身――第一军医大学图书馆成立于1951年，随校几经搬迁。现包括本部、赤岗和顺德三个馆区，总建筑面积48，777平方米，生均3.86平方米。其中，校本部图书馆2007年落成，建筑面积20，783平方米，赤岗校区图书馆1996年落成，建筑面积4，116平方米，顺德校区图书馆于2007年底落成，建筑面积23，878平方米。
读者至上，优质服务是南方医科大学图书馆一贯坚持的馆训和办馆理念。秉承以文检课教学为中心，教学、科研、情报服务三位一体的办馆模式。注重与省内外图书馆和教育机构的交流与合作，先后和广东省8所高等医药院校图书馆建立了文献资源的共建、共知、共享关系，并与国家科技图书文献中心（NSTL）、北京大学、清华大学、中国医学科学院、中国科学院文献情报中心、中科院上海生命科学图书馆建立了文献传递业务联系。该馆还与10多个国家和地区建立了国际书刊交换关系，换回原版刊57种，尤其是台湾刊和日本刊已成为特色馆藏，这些都提高了该馆的文献保障率。
近年来，图书馆大力加强网络化和数字化文献资源的建设， 对文献资源建设类型进行了适时调整，逐年加大对电子资源的收藏力度，并取得了明显成效。经过几年的建设，图书馆各类型电子文献逐渐成为学术信息资源的主要形式，数字化文献信息资源体系已具有一定的规模，截止到2007年8月，南方医科大学馆藏图书文献总量152.4万册（纸质文献92.4万册，电子图书60万），生均文献总量达到100.06册。 馆藏纸质文献92.4万册，其中中文纸质图书 81.5 万册，外文纸质图书 10.9万册。另外，有中外文纸质期刊2000种，报纸70种。中外文数据库共21种，其中包含全文电子期刊1.2万种。现有电子图书超星和书生共计60万册，年均登录59.8万人次。
图书馆服务功能完备，拥有多种现代化的服务手段，可为读者提供提供文献外借、阅览、复印、光盘检索、医学信息检索培训、电子邮件收发、科技查新咨询等服务，图书馆局域网和校园网相连，接入因特网。
该馆是中国高等医药院校图书馆协会的委员馆，和国内170个单位、国外12个国家和地区的60多个单位建立了书刊交换关系。
