食品过敏1996年，又发生了一次严重的转基因食品危机，当时内布拉斯加的研究人员发现一种嵌入了大豆基因的巴西坚果可能会对那些原本就对巴西坚果过敏的人造成致命的过敏危害。不过，这场危机最终得到了化解。针对这些嵌入大豆基因的巴西坚果进行的动物实验结果最终证明是阴性的。那些对食物过敏的人(美国约有8%的孩子有这些问题)，他们的症状从轻微的不适到快速的死亡，更容易因为接触到了那些嵌入通常所食用的食品中的外来营养成分而受到伤害。由于人们过去从来没有接触到这些被嵌入的外来基因，因此就非常有必要进行严格的入市前食品安全检验(包括长期的动物喂养和自愿者食用研究)来避免未来可能发生的公共健康灾难。另外，也需要强制推行食品成分标识，那样就可以使得那些有食物过敏史的消费者可以避免食用有危害的转基因食品，同时一旦发生了转基因食品大规模的过敏事件，公共卫生工作人员也可以有效地追踪这些过敏物的源头。
2001年秋，包括地球之友和有机消费者协会等在内的公共利益集团披露了一批实验室实验结果，在卡夫旗下的塔克钟产品系列以及其他一些品牌产品中检测到了一个名叫StarLink的法律禁止使用的转基因Bt-spliced 玉米过敏变种。大量媒体开始报道这一StarLink事件，结果该公司被迫召回了价值上百万美元的食品和种子。
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